PDB-8wxx: Structure of WDR5 in complex with WIN motif containing SET1B E175...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wxx

タイトル

Structure of WDR5 in complex with WIN motif containing SET1B E1750R/G1751V

要素

SET1B
WD repeat-containing protein 5

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / WDR5 / MBD3C / WIN motif / chromatin

機能・相同性

機能・相同性情報

MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Xu, L. / Yang, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural studies of WDR5 in complex with MBD3C WIN motif reveal a unique binding mode.
著者: Yang, Y. / Xu, L. / Zhang, S. / Yao, L. / Ding, Y. / Li, W. / Chen, X.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wxx.cif.gz	259.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wxx.ent.gz	208.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wxx_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wxx_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	8wxx_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	8wxx_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wxqC 8wxrC 8wxtC 8wxuC 8wxvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

B: WD repeat-containing protein 5

C: SET1B

D: SET1B

71.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 5

D: SET1B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 5

C: SET1B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.801, 47.244, 129.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34646.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド	SET1B 分子量: 1161.335 Da / 分子数: 2 / Mutation: E1750R, G1751V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 16% PEG 4000, 10% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 37965 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.35
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.474 / Num. unique obs: 1855

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→27.21 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	3654	9.63 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1772	37928	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4825	0	0	391	5216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4943
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	6697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.699	650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	754
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	830

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.3055	136	0.259	1280	X-RAY DIFFRACTION	95
2.13-2.15	0.2722	127	0.2489	1307	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.19	0.3006	142	0.2475	1253	X-RAY DIFFRACTION	98
2.19-2.22	0.2874	171	0.2379	1263	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.25	0.2816	125	0.2411	1281	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.29	0.2856	152	0.2355	1294	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.33	0.258	135	0.2246	1297	X-RAY DIFFRACTION	98
2.33-2.37	0.2672	148	0.2176	1306	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.42	0.2478	133	0.207	1324	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.47	0.2219	148	0.2007	1314	X-RAY DIFFRACTION	99
2.47-2.52	0.2424	166	0.1982	1281	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.58	0.221	148	0.1947	1291	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.64	0.2459	145	0.1879	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.2183	131	0.1782	1351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.215	156	0.1809	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.2201	132	0.1773	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.99	0.2154	126	0.1695	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.1903	127	0.1684	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.2032	152	0.1569	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.1883	148	0.1559	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.63	0.1817	145	0.1432	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.1741	119	0.1445	1347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.3	0.1488	132	0.1329	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.92	0.1491	129	0.126	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.19	0.2278	119	0.1691	1394	X-RAY DIFFRACTION	100
6.19-27.21	0.2038	162	0.1745	1370	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1112	-0.7475	-0.7318	2.608	0.3918	2.6482	0.0289	0.003	-0.1295	-0.0725	-0.0529	0.0537	0.0304	-0.1702	0.0289	0.2032	-0.0073	0.0128	0.1813	0.0399	0.109	17.7527	12.3143	13.8104
2	1.7326	0.5264	-0.214	2.3587	-0.5815	2.9008	0.0108	0.1001	-0.035	-0.163	-0.0565	-0.2354	-0.2139	-0.0227	0.0516	0.1778	0.0456	0.0292	0.1007	-0.0083	0.1683	14.7413	35.517	46.0992
3	4.0921	-1.5012	-0.2449	2.0052	-3.6575	4.938	-0.0315	-0.3704	0.1622	0.6525	-0.0697	-0.1778	-0.4186	-0.1957	0.1266	0.3117	0.0636	-0.0006	0.2006	-0.0429	0.2068	8.0501	40.2311	57.2901
4	5.3734	-3.9505	-3.8345	2.0029	8.1678	6.3543	-0.0613	0.6939	0.1139	-1.3667	0.1656	0.0178	-0.7223	-0.0562	-0.1348	0.4315	-0.0401	0.0321	0.2881	0.061	0.2076	23.8495	16.8373	2.2176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 32 through 334)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 32 through 334)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 1745 through 1753)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1745 through 1753)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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