PDB-8wxq: Structure of WDR5 in complex with WIN motif containing MBD3C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wxq

タイトル

Structure of WDR5 in complex with WIN motif containing MBD3C

要素

GLY-ALA-ALA-ARG-CYS-ARG-VAL-PHE-SER-PRO
WD repeat-containing protein 5

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / WDR5 / MBD3C / WIN motif / chromatin

機能・相同性

機能・相同性情報

MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Xu, L. / Yang, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural studies of WDR5 in complex with MBD3C WIN motif reveal a unique binding mode.
著者: Yang, Y. / Xu, L. / Zhang, S. / Yao, L. / Ding, Y. / Li, W. / Chen, X.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wxq.cif.gz	259.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wxq.ent.gz	208.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wxq_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wxq_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	8wxq_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	8wxq_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wxrC 8wxtC 8wxuC 8wxvC 8wxxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

C: GLY-ALA-ALA-ARG-CYS-ARG-VAL-PHE-SER-PRO

B: WD repeat-containing protein 5

D: GLY-ALA-ALA-ARG-CYS-ARG-VAL-PHE-SER-PRO

71.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 5

C: GLY-ALA-ALA-ARG-CYS-ARG-VAL-PHE-SER-PRO

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 5

D: GLY-ALA-ALA-ARG-CYS-ARG-VAL-PHE-SER-PRO

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.349, 47.420, 129.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34646.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド	GLY-ALA-ALA-ARG-CYS-ARG-VAL-PHE-SER-PRO 分子量: 1250.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 18% PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 50606 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 12.76
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.517 / Num. unique obs: 2133

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→39.67 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	5086	10.09 %
R_work	0.1822	-	-
obs	0.185	50398	97.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4810	0	0	390	5200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868	6693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.499	654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.2696	122	0.2568	1165	X-RAY DIFFRACTION	78
1.92-1.94	0.2606	162	0.2523	1370	X-RAY DIFFRACTION	89
1.94-1.97	0.2856	142	0.2507	1453	X-RAY DIFFRACTION	91
1.97-1.99	0.2504	144	0.2483	1440	X-RAY DIFFRACTION	94
1.99-2.02	0.264	149	0.224	1449	X-RAY DIFFRACTION	96
2.02-2.05	0.2433	195	0.2084	1483	X-RAY DIFFRACTION	97
2.05-2.08	0.225	175	0.2066	1483	X-RAY DIFFRACTION	98
2.08-2.11	0.2514	155	0.1948	1534	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.14	0.2209	168	0.2005	1532	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.17	0.222	181	0.1923	1555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2102	178	0.1909	1478	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.25	0.2482	177	0.1929	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.2184	193	0.2005	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2359	179	0.1988	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2202	164	0.1923	1537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.2128	189	0.1886	1490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2471	183	0.1839	1570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.58	0.2202	156	0.188	1514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2472	161	0.1892	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.1982	146	0.1876	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.252	154	0.1811	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.95	0.2218	169	0.1843	1552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.221	171	0.1857	1537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.2082	161	0.1752	1563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.45	0.1841	185	0.1668	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.185	213	0.1629	1508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.1871	183	0.1518	1549	X-RAY DIFFRACTION	99
4.09-4.68	0.1632	189	0.14	1553	X-RAY DIFFRACTION	99
4.68-5.9	0.1736	180	0.1654	1567	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9-39.67	0.2193	162	0.2118	1563	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.975	0.1859	-0.8328	1.8303	-0.1767	2.5922	-0.0193	-0.0806	-0.167	0.118	-0.0418	0.0261	0.0459	0.1095	0.0566	0.2179	0.0101	0.0204	0.1342	-0.0221	0.1325	14.9184	10.5001	45.5063
2	6.081	-3.0153	1.0939	9.4951	1.0362	3.4602	-0.1039	-0.9874	-0.207	1.1232	0.1989	0.4439	-0.3557	-0.4003	-0.1261	0.47	0.0128	0.1426	0.2952	0.0099	0.1868	8.8516	13.8991	58.0241
3	1.6418	-0.5347	-0.6879	2.4617	0.0949	5.0856	0.0107	-0.0417	-0.0624	0.0103	-0.1941	0.1405	-0.1414	0.1407	0.1664	0.2035	-0.0308	0.0292	0.0788	-0.0026	0.1868	17.7815	33.7963	13.4507
4	8.6936	0.3166	-0.8843	7.8514	-1.6267	6.6544	-0.0648	0.7642	-0.4424	-0.8352	-0.338	-0.0893	-0.1236	0.2385	0.3145	0.4688	-0.0118	0.0779	0.197	-0.0242	0.2433	24.3276	37.7965	1.5913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 31 through 334)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'C' and resid 40 through 49)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'B' and resid 31 through 334)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 40 through 49)

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関連情報:EMDBヘッダ

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