PDB-8wxp: Crystal structure of substrate-binding protein from Rhodothermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wxp

タイトル

Crystal structure of substrate-binding protein from Rhodothermus marinus (Dose IV)

要素

ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / substrate binding protein

機能・相同性

ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter substrate binding protein / ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Nam, K.H.

資金援助

韓国, 3件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2017M3A9F6029736	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2021R1I1A1A01050838	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2020M3H1A1075314	韓国

引用

ジャーナル: Data Brief / 年: 2024
タイトル: Data of radiation damage on selenomethionine-substituted single-domain substrate-binding protein.
著者: Nam, K.H.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wxp.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wxp.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wxp_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wxp_full_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示
XML形式データ	8wxp_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	8wxp_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wxmC 8wxnC 8wxoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

B: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

登録者が定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.173, 64.136, 69.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.110, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein 分子量: 18121.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア) 遺伝子: Rmar_2176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0MDR1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.69 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, MgCl2, polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.06 Å / Num. obs: 54358 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 23.47 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 2791 / CC_1/2: 0.547

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→39.05 Å / SU ML: 0.2693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.5734
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2703	3880	7.14 %
R_work	0.2233	50478	-
obs	0.2265	54358	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	0	65	2473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8607	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0573	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.777	337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.4138	131	0.3946	1723	X-RAY DIFFRACTION	95.62
1.77-1.79	0.356	140	0.3713	1783	X-RAY DIFFRACTION	96.93
1.79-1.82	0.3585	137	0.3535	1771	X-RAY DIFFRACTION	97.1
1.82-1.84	0.3913	138	0.3409	1778	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.84-1.87	0.4014	142	0.3313	1833	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.87-1.9	0.3703	143	0.3108	1832	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.9-1.93	0.3405	134	0.2925	1770	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.93-1.96	0.3423	143	0.2764	1885	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.96-1.99	0.282	134	0.2829	1783	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.99-2.03	0.3159	140	0.2734	1807	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.03-2.07	0.2926	140	0.2571	1830	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.07-2.11	0.2922	136	0.2359	1825	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.11-2.15	0.2639	143	0.2395	1815	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.15-2.2	0.2851	139	0.223	1786	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.2-2.26	0.2368	140	0.2283	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.26-2.32	0.2406	140	0.2108	1794	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.32-2.39	0.2647	139	0.2322	1823	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.39-2.47	0.2597	138	0.2215	1825	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.47-2.55	0.3022	142	0.2296	1818	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.55-2.66	0.2776	141	0.2253	1825	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.66-2.78	0.2659	140	0.2303	1807	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.78-2.92	0.2622	137	0.2134	1780	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.92-3.11	0.2713	139	0.2231	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.11-3.35	0.2701	139	0.1977	1834	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.35-3.68	0.2102	138	0.1802	1807	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.68-4.22	0.2007	137	0.1762	1808	X-RAY DIFFRACTION	98.48
4.22-5.31	0.2721	141	0.1771	1798	X-RAY DIFFRACTION	98.58
5.31-39.05	0.259	129	0.2131	1676	X-RAY DIFFRACTION	92.33

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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