PDB-8wxo: Crystal structure of substrate-binding protein from Rhodothermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wxo

タイトル

Crystal structure of substrate-binding protein from Rhodothermus marinus (Dose III)

要素

ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / substrate binding protein

機能・相同性

ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter substrate binding protein / ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Nam, K.H.

資金援助

韓国, 3件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2017M3A9F6029736	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2021R1I1A1A01050838	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2020M3H1A1075314	韓国

引用

ジャーナル: Data Brief / 年: 2024
タイトル: Data of radiation damage on selenomethionine-substituted single-domain substrate-binding protein.
著者: Nam, K.H.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wxo.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wxo.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wxo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wxmC 8wxnC 8wxpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

B: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

登録者が定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.341, 64.122, 69.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein 分子量: 18121.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア) 遺伝子: Rmar_2176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0MDR1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, MgCl2, polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→39.09 Å / Num. obs: 61756 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 22.31 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / Num. unique obs: 3159 / CC_1/2: 0.608

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→39.08 Å / SU ML: 0.2602 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4118
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2565	3907	6.33 %
R_work	0.2176	57849	-
obs	0.2201	61756	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→39.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	0	86	2494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0163	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4543	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0903	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0132	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0694	337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.4015	135	0.3953	2008	X-RAY DIFFRACTION	97.81
1.7-1.72	0.4196	140	0.3861	2064	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.72-1.74	0.3272	139	0.3838	2118	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.74-1.77	0.4132	134	0.3702	1983	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.77-1.79	0.4097	144	0.3347	2125	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.79-1.82	0.3689	139	0.3184	2098	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.82-1.85	0.3069	135	0.2961	2023	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.85-1.88	0.3297	144	0.28	2128	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.88-1.91	0.3423	130	0.2583	2045	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.91-1.95	0.2706	148	0.2575	2137	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.95-1.98	0.279	136	0.2518	2017	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.98-2.02	0.3184	144	0.2538	2090	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.02-2.07	0.2971	141	0.2474	2084	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.07-2.12	0.2869	145	0.2289	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.2304	137	0.2184	2065	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.17-2.23	0.3416	143	0.2111	2081	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.23-2.29	0.2512	137	0.2177	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.29-2.37	0.2984	144	0.2049	2132	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.37-2.45	0.2409	138	0.2324	2015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.55	0.3042	135	0.2118	2076	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.55-2.67	0.2325	143	0.2285	2114	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.67-2.81	0.2783	142	0.2101	2062	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.81-2.98	0.231	141	0.2063	2065	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.98-3.21	0.2389	141	0.1957	2092	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.21-3.54	0.2216	139	0.1817	2052	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.54-4.05	0.1774	140	0.1678	2067	X-RAY DIFFRACTION	98.97
4.05-5.1	0.1858	138	0.1617	2032	X-RAY DIFFRACTION	98.41
5.1-39.08	0.2776	135	0.2116	1928	X-RAY DIFFRACTION	92.39

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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