PDB-8wxn: Crystal structure of substrate-binding protein from Rhodothermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wxn

タイトル

Crystal structure of substrate-binding protein from Rhodothermus marinus (Dose II)

要素

ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / substrate binding protein

機能・相同性

ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter substrate binding protein / ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Nam, K.H.

資金援助

韓国, 3件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2017M3A9F6029736	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2021R1I1A1A01050838	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2020M3H1A1075314	韓国

引用

ジャーナル: Data Brief / 年: 2024
タイトル: Data of radiation damage on selenomethionine-substituted single-domain substrate-binding protein.
著者: Nam, K.H.

履歴

登録	2023年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wxn.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wxn.ent.gz	56 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wxn_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wxn_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	8wxn_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	8wxn_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/8wxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wxmC 8wxoC 8wxpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

B: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

登録者が定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.552, 64.164, 69.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.070, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein 分子量: 18121.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus DSM 4252 (バクテリア) 遺伝子: Rmar_2176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0MDR1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.22 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, MgCl2, polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→36.56 Å / Num. obs: 74744 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 20.48 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.58→1.64 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 3822 / CC_1/2: 0.656 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→36.55 Å / SU ML: 0.2619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.1841
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	3917	5.24 %
R_work	0.2216	70827	-
obs	0.2235	74744	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→36.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	0	108	2516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9699	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0616	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0095	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.872	337

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.6	0.4565	139	0.4053	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.6-1.62	0.3739	144	0.3716	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.62-1.64	0.3997	139	0.3697	2492	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.64-1.66	0.3912	140	0.3483	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.66-1.69	0.371	141	0.3489	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.69-1.71	0.3519	140	0.3375	2523	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.71-1.74	0.3479	142	0.3293	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.74-1.77	0.4006	140	0.3136	2476	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.77-1.8	0.3134	140	0.2801	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.8-1.83	0.2573	143	0.2661	2534	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.83-1.87	0.2693	144	0.2652	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.87-1.9	0.3159	137	0.2558	2498	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.9-1.95	0.2462	142	0.2465	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.95-1.99	0.2719	134	0.2413	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.99-2.04	0.311	142	0.2546	2529	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.04-2.1	0.3102	141	0.2261	2525	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.1-2.16	0.2591	143	0.2102	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.16-2.23	0.2132	138	0.2081	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.23-2.31	0.2565	142	0.2091	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.31-2.4	0.2152	141	0.2147	2534	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.4-2.51	0.2547	139	0.2198	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.51-2.64	0.2487	140	0.2245	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.64-2.81	0.2356	140	0.2235	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.81-3.02	0.2121	139	0.2044	2532	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.02-3.33	0.2366	139	0.199	2539	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.33-3.81	0.2465	142	0.1676	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.81-4.79	0.204	135	0.1669	2490	X-RAY DIFFRACTION	97.98
4.8-36.55	0.2554	131	0.2044	2361	X-RAY DIFFRACTION	92.3

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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