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万見
- PDB-8wxf: PNPase of Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wxf
タイトルPNPase of Mycobacterium tuberculosis
要素Bifunctional guanosine pentaphosphate synthetase/polyribonucleotide nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / polynucleotide phosphorylase / Mycobacterium tuberculosis / RNA degradation
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Wang, N. / Sheng, Y.N. / Liu, Y.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1300904 中国
引用ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase suggest a potential mechanism for its RNA substrate degradation.
著者: Na Wang / Yanan Sheng / Yutong Liu / Yaoting Guo / Jun He / Jinsong Liu /
要旨: As one of the oldest infectious diseases in the world, tuberculosis (TB) is the second most deadly infectious disease after COVID-19. Tuberculosis is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), which ...As one of the oldest infectious diseases in the world, tuberculosis (TB) is the second most deadly infectious disease after COVID-19. Tuberculosis is caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), which can attack various organs of the human body. Up to now, drug-resistant TB continues to be a public health threat. Pyrazinamide (PZA) is regarded as a sterilizing drug in the treatment of TB due to its distinct ability to target Mtb persisters. Previously we demonstrated that a D67N mutation in Mycobacterium tuberculosis polynucleotide phosphorylase (MtbPNPase, Rv2783c) confers resistance to PZA and Rv2783c is a potential target for PZA, but the mechanism leading to PZA resistance remains unclear. To gain further insight into the MtbPNPase, we determined the cryo-EM structures of apo Rv2783c, its mutant form and its complex with RNA. Our studies revealed the Rv2783c structure at atomic resolution and identified its enzymatic functional groups essential for its phosphorylase activities. We also investigated the molecular mechanisms underlying the resistance to PZA conferred by the mutation. Our research findings provide structural and functional insights enabling the development of new anti-tuberculosis drugs.
履歴
登録2023年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年7月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional guanosine pentaphosphate synthetase/polyribonucleotide nucleotidyltransferase
B: Bifunctional guanosine pentaphosphate synthetase/polyribonucleotide nucleotidyltransferase
C: Bifunctional guanosine pentaphosphate synthetase/polyribonucleotide nucleotidyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,3543
ポリマ－246,3543
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional guanosine pentaphosphate synthetase/polyribonucleotide nucleotidyltransferase


分子量: 82117.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: gpsI, F6W99_01388 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9Q6P703
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PNPase of Mycobacterium tuberculosis / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, pH 8.0, 150 Nacl, 5mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochlorideTris1
2150 mMsodium chlorideNacl1
35 mM1,4-DithiothreitolDTT1
試料濃度: 6.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: protein sample was mixed with 15mM FOS-CHOLINE-8 (Anatrace) and rapidly loaded onto the holey carbon grids
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: CRYOSOL VITROJET / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 2.22 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2981

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4RELIONCTF補正
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110060 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316626
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.64422566
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6752349
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442676
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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