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- PDB-8wvy: Cryo-EM structure of LGR4 in complex with Norrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wvy
タイトルCryo-EM structure of LGR4 in complex with Norrin
要素
  • Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
  • Norrin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / metanephric glomerulus development / metanephric nephron tubule morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / ubiquitin-dependent endocytosis / glycine metabolic process / intestinal stem cell homeostasis / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / endothelial cell differentiation / microglial cell proliferation / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / dendritic spine development / establishment of blood-retinal barrier / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / vacuole organization / protein targeting to lysosome / male genitalia development / microglia differentiation / establishment of blood-brain barrier / bone remodeling / optic nerve development / frizzled binding / retinal ganglion cell axon guidance / digestive tract development / lens development in camera-type eye / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of cytokine production / smoothened signaling pathway / bone mineralization / exploration behavior / decidualization / action potential / blood vessel remodeling / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / response to axon injury / tricarboxylic acid cycle / visual perception / glutathione metabolic process / Regulation of FZD by ubiquitination / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nervous system development / mitotic cell cycle / : / neuron apoptotic process / angiogenesis / spermatogenesis / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Glycoprotein hormone receptor family / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain ...Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Glycoprotein hormone receptor family / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cystine-knot cytokine / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Norrin / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Lin, C. / Chang, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of LGR4 in complex with Norrin
著者: Lin, C. / Chang, Z.
履歴
登録2023年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
E: Norrin
F: Norrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4593
ポリマ－115,4593
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4


分子量: 91869.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BXB1
#2: タンパク質 Norrin


分子量: 11794.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00604
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LGR4 in complex with Norrin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 63 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 584272 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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