PDB-8wv3: NUDIX hydrolase from Bacillus methanolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wv3

タイトル

NUDIX hydrolase from Bacillus methanolicus

要素

ADP-ribose pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / NUDIX hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribose diphosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus methanolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Ma, B.D. / Kong, X.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NUDIX hydrolase from Bacillus methanolicus
著者: Kong, X.D. / Ma, B.D.

履歴

登録	2023年10月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wv3.cif.gz	288 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wv3.ent.gz	233.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wv3_validation.pdf.gz	884.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wv3_full_validation.pdf.gz	912.7 KB	表示
XML形式データ	8wv3_validation.xml.gz	63.6 KB	表示
CIF形式データ	8wv3_validation.cif.gz	81.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/8wv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/8wv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-ribose pyrophosphatase

B: ADP-ribose pyrophosphatase

C: ADP-ribose pyrophosphatase

D: ADP-ribose pyrophosphatase

E: ADP-ribose pyrophosphatase

F: ADP-ribose pyrophosphatase

G: ADP-ribose pyrophosphatase

H: ADP-ribose pyrophosphatase

ヘテロ分子

171 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.828, 96.884, 103.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ADP-ribose pyrophosphatase 分子量: 21307.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus methanolicus (バクテリア) 遺伝子: act / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3EA59
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 5.2, 18% v/v Polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→65.79 Å / Num. obs: 102810 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 594778
反射シェル	解像度: 1.98→2.08 Å / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.833 / Num. measured all: 81436 / Num. unique obs: 13895 / CC_1/2: 0.698 / R_pim(I) all: 0.369 / R_rim(I) all: 0.913 / Χ²: 0.61 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→34.13 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	5184	5.06 %
R_work	0.1985	-	-
obs	0.2008	102409	97.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→34.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11004	0	45	383	11432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	15069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.426	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2	0.3395	180	0.2779	3308	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.02	0.3197	165	0.2682	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2808	156	0.2545	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.3412	114	0.2585	2118	X-RAY DIFFRACTION	86
2.07-2.1	0.2739	178	0.2419	2995	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.13	0.3117	183	0.2353	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2937	186	0.2229	3308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.2645	172	0.2274	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.2675	194	0.2292	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.3038	115	0.2382	2236	X-RAY DIFFRACTION	67
2.26-2.3	0.3002	168	0.2321	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2788	182	0.224	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2589	207	0.2241	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2674	166	0.2294	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.49	0.3114	203	0.2202	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.276	172	0.2212	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.61	0.2754	158	0.2177	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.68	0.2872	168	0.2284	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.76	0.2758	188	0.2282	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.85	0.3127	180	0.2324	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.95	0.2413	173	0.2291	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.07	0.2884	190	0.2273	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.21	0.2862	164	0.227	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.38	0.2441	161	0.2108	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.59	0.2639	169	0.1984	3355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.87	0.2216	208	0.1771	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.26	0.2026	184	0.1639	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.87	0.1947	184	0.1534	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-6.13	0.1885	146	0.1728	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
6.13-34.13	0.2066	170	0.1737	3415	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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