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万見
- PDB-8wuz: Development of 2-imino-2,3,5,6,7,8-hexahydropyrido[4,3-d]pyrimidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wuz
タイトルDevelopment of 2-imino-2,3,5,6,7,8-hexahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-4(1H)-one derivatives as human caseinolytic peptidase P (hClpP) activators
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Mitochondria / Caseinolytic Protease P / activator / antitumor
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein proteolysis / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding ...membrane protein proteolysis / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding / endopeptidase activity / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jiang, J.-X. / Ding, H. / Chen, M.-R. / Lu, M.-L. / Sun, H.-Y. / Xiao, Y.-B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of novel imipridone derivatives with potent anti-cancer activities as human caseinolytic peptidase P (hClpP) activators.
著者: Zhang, Y. / Jiang, J. / Ding, H. / Li, Q. / Xiao, Y. / Sun, H.
履歴
登録2023年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,20622
ポリマ－169,2597
非ポリマー3,94715
水00
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,41144
ポリマ－338,51814
非ポリマー7,89330
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area55810 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area89530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.277, 184.938, 163.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial / Endopeptidase Clp


分子量: 24179.875 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16740, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-XFU / 5-[(3-fluorophenyl)methyl]-9-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1,5,9,11-tetrazatricyclo[8.4.0.0^{2,7}]tetradeca-2(7),10-dien-8-one


分子量: 472.478 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24F4N4O
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NaBr, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.75 Å / Num. obs: 83250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.9 Å / Num. unique obs: 6199 / CC1/2: 0.784

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
AUTOMARデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→47.75 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 1979 3.97 %
Rwork0.2333 --
obs0.235 49874 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9882 0 246 0 10128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24514021
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7933893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091749
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.34681400.31043394X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.050.3341390.2783358X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.31551380.28283372X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.30681410.28253405X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.360.32241400.26873387X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.490.32611420.26083415X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.28861380.2353376X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.850.24741420.23553412X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.26271410.22443436X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.2331420.19573415X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.840.24831410.19813409X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.540.25091420.20913448X-RAY DIFFRACTION100
5.55-6.980.28171450.2263498X-RAY DIFFRACTION100
6.98-47.750.24211480.20853570X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1516 Å / Origin y: -37.8464 Å / Origin z: -16.9009 Å
111213212223313233
T0.2421 Å20.0083 Å20.0031 Å2-0.1576 Å20.0118 Å2--0.1708 Å2
L0.3323 °2-0.0215 °2-0.0838 °2-0.2321 °2-0.0476 °2--0.9497 °2
S-0.0606 Å °-0.098 Å °-0.0494 Å °0.0454 Å °0.0035 Å °-0.0208 Å °0.1175 Å °0.013 Å °0.0502 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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