PDB-8wug: The Crystal Structure of JMJD2D from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wug

タイトル

The Crystal Structure of JMJD2D from Biortus.

要素

Lysine-specific demethylase 4D

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Chromatin regulator / Dioxygenase / Transcription / Transcription regulation / Iron / Metal-binding / Zinc

機能・相同性

機能・相同性情報

immune system process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of JMJD2D from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wug.cif.gz	98.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wug.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wug_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wug_full_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示
XML形式データ	8wug_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	8wug_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4D

ヘテロ分子

40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.340, 71.340, 150.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-810- HOH
2	1	A-828- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4D 分子量: 39491.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6B0I6

-
非ポリマー , 6種, 428分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES, NaOH pH 7.5, 2% PEG 400, 2M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.89 Å / Num. obs: 40301 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 15.9 % / R_merge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 60.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / R_merge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique obs: 2235

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.887 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.188 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 1.543 / SU ML: 0.053 / Average fsc free: 0.9766 / Average fsc work: 0.9837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	2006	4.988 %
R_work	0.1612	38214	-
all	0.163	-	-
obs	-	40220	92.009 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.597 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.597 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.193 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.887 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2687	0	28	421	3136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.131	1.661	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.399	1.565	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.476	5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.231	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.19	10	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.821	10	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.107	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.184	2.006	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.184	2.006	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.896	3.005	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.896	3.007	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.889	2.291	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.888	2.293	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.958	3.327	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.958	3.329	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.695	30.398	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.38	25.849	3322

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.224	138	0.17	2996	0.173	3170	0.973	0.982	98.8643	0.17
1.744-1.792	0.205	146	0.171	2933	0.173	3079	0.974	0.982	100	0.171
1.792-1.844	0.206	171	0.169	2817	0.171	2988	0.975	0.983	100	0.169
1.844-1.9	0.199	76	0.171	1679	0.172	2939	0.976	0.983	59.7142	0.171
1.9-1.963	0.204	85	0.16	1660	0.161	2847	0.974	0.984	61.2926	0.16
1.963-2.031	0.161	137	0.162	2616	0.162	2753	0.983	0.984	100	0.162
2.031-2.108	0.182	137	0.158	2523	0.16	2660	0.979	0.984	100	0.158
2.108-2.194	0.183	121	0.156	2441	0.157	2562	0.981	0.986	100	0.156
2.194-2.291	0.182	148	0.157	2324	0.158	2472	0.979	0.985	100	0.157
2.291-2.403	0.201	110	0.156	2251	0.158	2361	0.974	0.984	100	0.156
2.403-2.532	0.202	121	0.158	2130	0.16	2251	0.976	0.984	100	0.158
2.532-2.685	0.24	83	0.163	1420	0.167	2133	0.964	0.983	70.4641	0.163
2.685-2.87	0.171	101	0.157	1894	0.158	2024	0.976	0.984	98.5672	0.157
2.87-3.099	0.179	104	0.163	1793	0.164	1898	0.979	0.983	99.9473	0.163
3.099-3.394	0.207	74	0.161	1677	0.163	1751	0.973	0.984	100	0.161
3.394-3.792	0.194	52	0.163	1120	0.164	1588	0.973	0.984	73.8035	0.163
3.792-4.374	0.159	68	0.143	1258	0.144	1415	0.985	0.988	93.7103	0.143
4.374-5.346	0.16	52	0.144	1183	0.144	1235	0.991	0.988	100	0.144
5.346-7.513	0.232	50	0.198	925	0.2	976	0.972	0.98	99.8975	0.198
7.513-47.887	0.159	32	0.2	574	0.198	608	0.982	0.971	99.6711	0.2

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