PDB-8wub: The X-ray structure of human neuroglobin C120S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wub

タイトル

The X-ray structure of human neuroglobin C120S mutant

要素

Neuroglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Neuroglobin

機能・相同性

機能・相同性情報

Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lin, Y.W. / Yuan, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray structure of human neuroglobin C120S mutant
著者: Lin, Y.W. / Yuan, H.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wub.cif.gz	244.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wub.ent.gz	175.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wub_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wub_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8wub_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	8wub_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mpmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (3)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuroglobin

B: Neuroglobin

C: Neuroglobin

ヘテロ分子

53.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuroglobin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neuroglobin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Neuroglobin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.009, 119.940, 38.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 16 or resid 18...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 4 through 16 or resid 18...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 4 through 16 or resid 18...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	PRO	PRO	VAL	VAL	A	A	4 - 16	4 - 16
d_1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	A	A	18 - 45	18 - 45
d_1	3	ARG	ARG	ASP	ASP	A	A	47 - 54	47 - 54
d_1	4	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	56 - 71	56 - 71
d_1	5	ASP	ASP	SER	SER	A	A	73 - 83	73 - 83
d_1	6	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	85 - 90	85 - 90
d_1	7	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	92 - 106	92 - 106
d_1	8	THR	THR	TYR	TYR	A	A	108 - 115	108 - 115
d_1	9	LEU	LEU	GLU	GLU	A	A	117 - 118	117 - 118
d_1	10	SER	SER	THR	THR	A	A	120 - 129	120 - 129
d_1	11	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	131 - 133	131 - 133
d_1	12	LEU	LEU	MET	MET	A	A	136 - 144	136 - 144
d_1	13	ARG	ARG	TRP	TRP	A	A	146 - 148	146 - 148
d_1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	A	D	201
d_2	1	PRO	PRO	VAL	VAL	B	B	4 - 16	4 - 16
d_2	2	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	18 - 45	18 - 45
d_2	3	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	47 - 54	47 - 54
d_2	4	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	56 - 71	56 - 71
d_2	5	ASP	ASP	SER	SER	B	B	73 - 83	73 - 83
d_2	6	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	85 - 90	85 - 90
d_2	7	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	92 - 106	92 - 106
d_2	8	THR	THR	TYR	TYR	B	B	108 - 115	108 - 115
d_2	9	LEU	LEU	GLU	GLU	B	B	117 - 118	117 - 118
d_2	10	SER	SER	THR	THR	B	B	120 - 129	120 - 129
d_2	11	ALA	ALA	TRP	TRP	B	B	131 - 133	131 - 133
d_2	12	LEU	LEU	MET	MET	B	B	136 - 144	136 - 144
d_2	13	ARG	ARG	TRP	TRP	B	B	146 - 148	146 - 148
d_2	14	HEM	HEM	HEM	HEM	B	G	201
d_3	1	PRO	PRO	VAL	VAL	C	C	4 - 16	4 - 16
d_3	2	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	18 - 45	18 - 45
d_3	3	ARG	ARG	ASP	ASP	C	C	47 - 54	47 - 54
d_3	4	LEU	LEU	VAL	VAL	C	C	56 - 71	56 - 71
d_3	5	ASP	ASP	SER	SER	C	C	73 - 83	73 - 83
d_3	6	LEU	LEU	ALA	ALA	C	C	85 - 90	85 - 90
d_3	7	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	92 - 106	92 - 106
d_3	8	THR	THR	TYR	TYR	C	C	108 - 115	108 - 115
d_3	9	LEU	LEU	GLU	GLU	C	C	117 - 118	117 - 118
d_3	10	SER	SER	THR	THR	C	C	120 - 129	120 - 129
d_3	11	ALA	ALA	TRP	TRP	C	C	131 - 133	131 - 133
d_3	12	LEU	LEU	MET	MET	C	C	136 - 144	136 - 144
d_3	13	ARG	ARG	TRP	TRP	C	C	146 - 148	146 - 148
d_3	14	HEM	HEM	HEM	HEM	C	K	201

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.997799501793, 0.0656270627263, 0.00944684385406), (-0.0656833016059, -0.997823831438, -0.00577107485329), (0.00904754723805, -0.00637887550751, 0.999938724041)	-0.370173942223, 38.3920393764, 0.401957831033
2	given	(-0.994591202342, 0.103121195305, 0.0124241419198), (-0.103039940299, -0.994652493303, 0.00701343494522), (0.0130809375325, 0.00569531785303, 0.999898221034)	-2.75278696558, 77.6939572153, 0.338753114064

#1: タンパク質	Neuroglobin 分子量: 16935.307 Da / 分子数: 3 / 変異: C120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPG2
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6 M ammonium sulfate,10% v/v 1,4-Dioxane, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 63053 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 17.85 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.06813 / R_pim(I) all: 0.02429 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.3732 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / Num. unique obs: 6260 / CC_1/2: 0.983 / R_pim(I) all: 0.1406 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MPM

4mpm

解像度: 1.5→28.52 Å / SU ML: 0.1578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.3928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	3194	5.07 %
R_work	0.1535	59822	-
obs	0.1561	63016	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3445	0	159	447	4051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0161	3893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5224	5362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0959	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	679
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2902	1412

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.635369555677
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.45061036929

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2347	146	0.1437	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.52-1.55	0.2497	113	0.1431	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.55-1.57	0.2115	143	0.1387	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.2544	131	0.1382	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.6-1.63	0.2577	146	0.1384	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.63-1.66	0.2109	139	0.1393	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.66-1.69	0.2495	139	0.1335	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2133	157	0.1347	2540	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.73-1.77	0.2151	157	0.1316	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.77-1.81	0.2463	146	0.1385	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.81-1.86	0.225	112	0.1434	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.91	0.2045	116	0.1543	2221	X-RAY DIFFRACTION	99.03
1.92-1.98	0.2413	142	0.1428	2323	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.98-2.05	0.2091	124	0.1408	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.05-2.13	0.2168	169	0.1379	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.13-2.23	0.1834	138	0.134	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.23-2.35	0.1836	143	0.1373	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.35-2.49	0.1937	128	0.1505	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.49-2.69	0.2089	134	0.1552	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.69-2.96	0.1965	149	0.1538	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.96-3.38	0.1949	141	0.1554	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.38-4.26	0.1759	138	0.145	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.26-28.52	0.2062	143	0.2039	2829	X-RAY DIFFRACTION	98.54

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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