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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wu7 | ||||||
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タイトル | Structure of a cis-Geranylfarnesyl Diphosphate Synthase from Streptomyces clavuligerus | ||||||
要素 | Isoprenyl transferase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / cis-prenyltransferase | ||||||
機能・相同性 | Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / magnesium ion binding / Isoprenyl transferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces clavuligerus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Li, F.R. / Wang, Q.L. / Pan, X.M. / Dong, L.B. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024 タイトル: Discovery, Structure, and Engineering of a cis-Geranylfarnesyl Diphosphate Synthase. 著者: Li, F.R. / Wang, Q. / Pan, X. / Xu, H.M. / Dong, L.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wu7.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wu7.ent.gz | 40.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wu7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wu7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8wu6C 8ylzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32477.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) 遺伝子: uppS2 / 器官: bacteria細菌 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5SL65 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.3 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 18% (w/v) Polyethylene glycol 4000, 0.1 M MES monohydrate (pH 5.7) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9788 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→84.37 Å / Num. obs: 13544 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 51.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.059 / Mean I/σ(I) obs: 38.1 / Num. unique obs: 1033 / CC1/2: 0.998 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→30.59 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→30.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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