PDB-8wu3: Crystal structure of RNA-dependent RNA polymerases from Alongshan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wu3

タイトル

Crystal structure of RNA-dependent RNA polymerases from Alongshan virus

要素

RNA polymerase

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNA polymerase

生物種

Alongshan virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Liu, Z.Y. / Han, P. / Peng, Q. / Qi, J.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: HLIFE / 年: 2024
タイトル: Crystal structures of RNA-dependent RNA polymerases from Jingmen tick virus and Alongshan virus
著者: Liu, Z. / Peng, Q. / Han, P. / Kuai, L. / Qi, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2023年10月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity / entity_src_gen Item: _citation.country / _entity.details ..._citation.country / _entity.details / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wu3.cif.gz	577.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wu3.ent.gz	407.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8wu3_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wu3_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	8wu3_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	8wu3_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/8wu3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8wu2C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA polymerase

B: RNA polymerase

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.351, 93.358, 101.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.090, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RNA polymerase 分子量: 71182.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GeneBank: MH158415.1 / 由来: (組換発現) Alongshan virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.19 Å / Num. obs: 21699 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 71.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / R_merge(I) obs: 1.024 / Num. unique obs: 1503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→48.19 Å / SU ML: 0.4412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.1352
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2753	1999	9.25 %
R_work	0.2566	19615	-
obs	0.2583	21614	93.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9503	0	0	0	9503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	9704
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6969	13085
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0436	1390
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0104	1678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.7818	1329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.28	0.3575	96	0.3515	946	X-RAY DIFFRACTION	62.1
3.28-3.37	0.3451	111	0.3238	1085	X-RAY DIFFRACTION	74.42
3.37-3.47	0.3297	125	0.3261	1228	X-RAY DIFFRACTION	82.55
3.47-3.58	0.3484	141	0.313	1383	X-RAY DIFFRACTION	91.92
3.58-3.71	0.3269	148	0.2966	1452	X-RAY DIFFRACTION	97.56
3.71-3.86	0.3475	151	0.2964	1475	X-RAY DIFFRACTION	98.49
3.86-4.03	0.2944	152	0.2846	1494	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.03-4.24	0.2933	152	0.2475	1493	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.24-4.51	0.2675	154	0.2432	1504	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.51-4.86	0.2462	150	0.2316	1480	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.86-5.34	0.2523	153	0.2369	1512	X-RAY DIFFRACTION	99.58
5.35-6.12	0.277	153	0.2566	1501	X-RAY DIFFRACTION	99.64
6.12-7.7	0.2445	155	0.257	1524	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7-48.19	0.2076	158	0.1936	1538	X-RAY DIFFRACTION	98.95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.70572309163	-1.01836123934	2.69073796843	0.541445149131	-0.295148534074	2.65843211769	-0.260401837678	-0.369256583639	0.44611194062	0.0506837080458	0.0333190321778	0.233353503548	-0.522074517892	-1.2086503451	0.2182638756	0.827254888708	0.15510017767	0.0417784244813	1.31571383671	0.063449058022	0.650607745362	14.9176548554	76.6316599204	2.40539878244
2	3.34947582221	-1.25257590677	1.20954794848	2.28529712198	-1.09376824729	3.61280818212	0.0848541151756	-0.385034770779	-0.0621178791615	0.180544943921	0.152436659169	0.591220548144	0.270274084738	-0.699763536196	-0.23638804033	0.418367257584	-0.112593635081	-0.00499143205951	0.647151599399	0.0587646652691	0.405861055736	16.6398920644	63.797082293	-6.55881719664
3	2.59996828661	-0.701370744499	1.18356873807	4.97655955008	1.87505226389	2.82616436513	0.0117823181567	-1.2116701267	-0.0626065611569	1.2696515864	0.011631661175	0.606676863951	0.347490043612	-1.95844259367	-0.0044994253992	0.829930135743	-0.073991226256	0.0138419359233	1.84662718427	0.198417767419	0.732052493435	8.67605402418	63.2100917675	13.4316016392
4	4.62325622791	-2.67927242548	2.41945552697	1.73957170527	-0.930663383608	4.09155483912	0.48695645566	-0.632947621595	-0.891460343591	-0.145757444077	0.214769779889	0.535669090722	0.414632730825	-0.581569212824	-0.674650565252	0.629069637575	-0.204218046584	-0.066403346227	0.480814022184	0.117239399734	0.501731079568	22.8748759438	53.5641405991	-3.87266273963
5	2.25375328152	-0.784555395847	1.82790687452	4.84158882995	-1.85189045658	4.15556265139	-0.363103725066	-0.358516411897	0.0303108921629	0.411661979408	1.0339362517	0.855347530857	-0.0942220949873	-1.56079083951	-0.650628130255	0.504700452733	0.129798750327	0.0127084742036	1.51674971677	0.0967091387299	0.7819217193	6.88328519387	69.690192507	2.0177157813
6	3.77307581745	-0.835456921324	2.2332538346	1.88291995207	-2.38071606205	5.19825570015	0.256716644212	-0.0391395727865	-0.361745747609	-0.441282008529	0.17773199479	0.271946891226	0.628511219826	-0.303506748515	-0.378511272741	0.69447427452	-0.0825231868719	-0.0701894526883	0.193903175176	0.0706575291587	0.526833667217	29.8101255962	55.1089792213	-7.44355369377
7	2.39442186634	-0.174051571689	-0.0958596461477	7.67618537598	1.95192086084	6.71697183748	0.0953479482938	-0.0313579290039	0.248289454298	0.409386924835	0.00625968586141	0.0943559356332	-0.22492310412	0.0797454435901	-0.102428462841	0.566700518524	-0.0339320780025	0.0682606889308	0.191079071817	0.0536031265549	0.481133571613	43.4968936046	59.7810615508	18.6993356351
8	2.0529382995	0.850542211287	-2.07624988263	-0.317204499582	0.0583455677905	3.25651428802	-0.151107095221	1.08331245876	-0.182508768523	-0.551695494809	0.400052331872	0.266012965192	0.782832170562	-1.7124292916	-0.225402737728	1.29752798143	-0.319630611733	-0.221861760893	1.30283101731	0.186647838312	0.966876331152	8.86862308001	26.7448004244	39.1879244253
9	4.55457500816	0.99720138083	-3.92512031012	1.387047056	-2.68619902942	5.27016554812	-0.113349746409	1.19526893559	0.496899666511	-0.270744515426	0.755056296643	0.516184987758	0.286359570479	-1.43219513258	-0.487799358759	0.832088271276	-0.0659735858556	-0.0850053788537	0.657236189943	0.189174623883	0.573582987552	15.827580809	37.0362879973	47.4601037026
10	2.61046976887	-1.28466751605	-1.11249578384	5.64668172571	2.25356835868	6.79859342568	0.0738446600541	-0.10012974156	0.148114917867	0.0474749125938	0.0285168420391	-0.0290971917845	0.00238056281337	0.268700534092	-0.0961656304417	0.639605547638	-0.0395104405491	-0.00884357217959	0.192441579392	0.046166978057	0.444462283473	42.6021477576	36.7562423036	34.5968370449

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 89 )	A	A	11 - 89	1 - 79
2	2	chain 'A' and (resid 90 through 141 )	A	A	90 - 141	80 - 126
3	3	chain 'A' and (resid 142 through 251 )	A	A	142 - 251	127 - 222
4	4	chain 'A' and (resid 252 through 306 )	A	A	252 - 306	223 - 277
5	5	chain 'A' and (resid 307 through 355 )	A	A	307 - 355	278 - 326
6	6	chain 'A' and (resid 356 through 492 )	A	A	356 - 492	327 - 460
7	7	chain 'A' and (resid 493 through 621 )	A	A	493 - 621	461 - 589
8	8	chain 'B' and (resid 11 through 197 )	B	B	11 - 197	1 - 185
9	9	chain 'B' and (resid 198 through 509 )	B	B	198 - 509	186 - 480
10	10	chain 'B' and (resid 510 through 621 )	B	B	510 - 621	481 - 592

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)