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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wtn | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of jasmonic acid transporter ABCG16 in occluded conformation | ||||||
![]() | ABC transporter G family member 16 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / jasmonate / transport / cryo-EM / ABC transporter / plant hormone | ||||||
機能・相同性 | ![]() pollen wall assembly / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
![]() | Huang, X. / An, N. / Zhang, X. / Zhang, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure and molecular mechanism of the jasmonic acid transporter ABCG16. 著者: Ning An / Xiaowei Huang / Zhao Yang / Minhua Zhang / Miaolian Ma / Fang Yu / Lianyan Jing / Boya Du / Yong-Fei Wang / Xue Zhang / Peng Zhang / ![]() 要旨: Jasmonates (JAs) are a class of oxylipin phytohormones including jasmonic acid (JA) and derivatives that regulate plant growth, development and biotic and abiotic stress. A number of transporters ...Jasmonates (JAs) are a class of oxylipin phytohormones including jasmonic acid (JA) and derivatives that regulate plant growth, development and biotic and abiotic stress. A number of transporters have been identified to be responsible for the cellular and subcellular translocation of JAs. However, the mechanistic understanding of how these transporters specifically recognize and transport JAs is scarce. Here we determined the cryogenic electron microscopy structure of JA exporter AtABCG16 in inward-facing apo, JA-bound and occluded conformations, and outward-facing post translocation conformation. AtABCG16 structure forms a homodimer, and each monomer contains a nucleotide-binding domain, a transmembrane domain and an extracellular domain. Structural analyses together with biochemical and plant physiological experiments revealed the molecular mechanism by which AtABCG16 specifically recognizes and transports JA. Structural analyses also revealed that AtABCG16 features a unique bifurcated substrate translocation pathway, which is composed of two independent substrate entrances, two substrate-binding pockets and a shared apoplastic cavity. In addition, residue Phe608 from each monomer is disclosed to function as a gate along the translocation pathway controlling the accessing of substrate JA from the cytoplasm or apoplast. Based on the structural and biochemical analyses, a working model of AtABCG16-mediated JA transport is proposed, which diversifies the molecular mechanisms of ABC transporters. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 222.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81792.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ABCG16, WBC16, At3g55090, T15C9.80 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9M2V7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Homodimer of ABCG16 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379215 / 対称性のタイプ: POINT |