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Yorodumi- PDB-8wte: Crystal structure of TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8wte | |||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of TCR in complex with HLA-A*11:01 bound to KRAS-G12V peptide (VVGAVGVGK) | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / KRAS-G12V / HLA-A*11:01 | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.17 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Zhang, M.Y. / Luo, L.J. / Xu, W. / Guan, F.H. / Wang, X.Y. / Zhu, P. / Zhang, J.H. / Zhou, X.Y. / Wang, F. / Ye, S. | |||||||||||||||||||||
Funding support | China, 6items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2024 Title: Identification and affinity enhancement of T-cell receptor targeting a KRAS G12V cancer neoantigen. Authors: Zhang, M. / Xu, W. / Luo, L. / Guan, F. / Wang, X. / Zhu, P. / Zhang, J. / Zhou, X. / Wang, F. / Ye, S. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8wte.cif.gz | 805.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8wte.ent.gz | 556.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8wte.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/8wte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/8wte | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8wulC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-T-cell receptor ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 22105.652 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: T159C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Trav7-2, TRAV7D-2, Trav7d-2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein | Mass: 27310.738 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S170C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Trbv2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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-Protein , 2 types, 4 molecules HEIF
#3: Protein | Mass: 31855.051 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-A / Production host: Escherichia coli (E. coli) #4: Protein | Mass: 11748.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P61769 |
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-Protein/peptide / Non-polymers , 2 types, 507 molecules JG
#5: Protein/peptide | Mass: 785.951 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S170C / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 20% (w/v) PEG 3350 0.2 M sodium citrate. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 28, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.17→115.59 Å / Num. obs: 98037 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 2.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 5.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.17→2.29 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 12909 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 0.446 / % possible all: 86.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.17→39.01 Å / SU ML: 0.2505 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 23.7453 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.17→39.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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