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- PDB-8wtc: Crystal structure of McsB kinase domain complexed with McsA. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wtc
タイトルCrystal structure of McsB kinase domain complexed with McsA.
要素
  • Protein-arginine kinase
  • Protein-arginine kinase activator protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Protein-arginine kinase / Zinc-coordination motifs / kinase activator
機能・相同性
機能・相同性情報


protein arginine kinase / stress response to cadmium ion / phosphocreatine biosynthetic process / stress response to copper ion / creatine kinase activity / cobalt ion binding / cadmium ion binding / kinase activity / protein kinase activity / copper ion binding ...protein arginine kinase / stress response to cadmium ion / phosphocreatine biosynthetic process / stress response to copper ion / creatine kinase activity / cobalt ion binding / cadmium ion binding / kinase activity / protein kinase activity / copper ion binding / リン酸化 / タンパク質分解 / extracellular space / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
YacH protein / Protein arginine kinase / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. ...YacH protein / Protein arginine kinase / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / ATP:guanido phosphotransferase active site / Phosphagen kinase active site signature. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / UVR domain / UVR domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine kinase activator protein / Protein-arginine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arifuzzaman, M. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the regulation of protein-arginine kinase McsB by McsA.
著者: Arifuzzaman, M. / Kwon, E. / Kim, D.Y.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine kinase
B: Protein-arginine kinase activator protein
C: Protein-arginine kinase
D: Protein-arginine kinase activator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0346
ポリマ－96,9044
非ポリマー1312
水0
1
A: Protein-arginine kinase
B: Protein-arginine kinase activator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5173
ポリマ－48,4522
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
2
C: Protein-arginine kinase
D: Protein-arginine kinase activator protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5173
ポリマ－48,4522
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.104, 74.208, 79.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein-arginine kinase


分子量: 27252.803 Da / 分子数: 2 / 断片: McsB kinase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: mcsB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37570
#2: タンパク質 Protein-arginine kinase activator protein


分子量: 21198.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: mcsA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37569
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: Plate shape
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9
詳細: 2% v/v 1,4-dioxane, 10% w/v PEG20000, 3% w/v 1,6-hexanediol, 0.1 M BICINE pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 26019 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1202

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19rc5_4047: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→43.45 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 1970 7.69 %
Rwork0.2163 --
obs0.2201 25631 95.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5263 0 2 0 5265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2247195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.386709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.3461390.3071662X-RAY DIFFRACTION95
2.87-2.950.37031450.28771741X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.030.33181430.28381725X-RAY DIFFRACTION98
3.03-3.130.33591420.29251692X-RAY DIFFRACTION97
3.13-3.240.36081450.27281742X-RAY DIFFRACTION98
3.24-3.370.36821400.26171681X-RAY DIFFRACTION96
3.37-3.530.27171320.23891587X-RAY DIFFRACTION90
3.53-3.710.26721450.23431735X-RAY DIFFRACTION99
3.71-3.950.27381450.22241747X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.250.23911440.19951724X-RAY DIFFRACTION97
4.25-4.680.23361350.17561629X-RAY DIFFRACTION92
4.68-5.350.23311460.18211752X-RAY DIFFRACTION98
5.35-6.740.25271370.21471649X-RAY DIFFRACTION92
6.74-43.450.19911320.17081595X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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