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万見
- PDB-8wt5: Vaccinia Virus J5 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wt5
タイトルVaccinia Virus J5 ectodomain
要素Protein J5
キーワードVIRAL PROTEIN / Entry Fusion Complex Protein
機能・相同性Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion membrane / membrane / Protein J5
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Carillo, K.J. / Tzou, D.L.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Vaccinia Virus Protein J5 (2 - 68 a.a)
著者: Carillo, K.J. / Tzou, D.L.
履歴
登録2023年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein J5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7931
ポリマ－7,7931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein J5


分子量: 7792.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus Western Reserve (ウイルス)
遺伝子: MVA089L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76VD9
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-13C NOESY
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D (H)CCH-COSY
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D HN(COCA)CB
1111isotropic13D HNCO

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vaccinia Virus Protein J5, 137 mM no label sodium chloride, 2.7 mM no label potassium chloride, 10 mM no label disodium phosphate, 1.8 mM no label potassium ...内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vaccinia Virus Protein J5, 137 mM no label sodium chloride, 2.7 mM no label potassium chloride, 10 mM no label disodium phosphate, 1.8 mM no label potassium dihydrogen phosphate, 90% H2O/10% D2O
詳細: Sample was prepared with 13C and 15N label in 1X PBS buffer pH 6.5
Label: 13C_15N_J5 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMVaccinia Virus Protein J5[U-100% 13C; U-100% 15N]1
137 mMsodium chlorideno label1
2.7 mMpotassium chlorideno label1
10 mMdisodium phosphateno label1
1.8 mMpotassium dihydrogen phosphateno label1
試料状態詳細: J5 protein sample was expressed with 15N and 13C label
イオン強度: 8.1 mM / Label: 13C_15N_labeled_J5 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker BRUKER AVANCE III 600 / 製造業者: Bruker / モデル: BRUKER AVANCE III 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin4.3.0Bruker Biospin解析
TopSpin4.3.0Bruker Biospincollection
X-PLOR NIH3.7Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH3.7Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing5
molecular dynamics6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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