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- PDB-8wt0: The toxin-antitoxin complex Fic-1-AntF is a deAMPylase that regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wt0
タイトルThe toxin-antitoxin complex Fic-1-AntF is a deAMPylase that regulates the activity of DNA gyrase
要素
  • Cell filamentation protein Fic
  • DUF2559 domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Toxin-antitoxin / AMPylation / deAMPylation / Posttranslational Modification / Filamentation / cyclic adenosine monophosphate protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / regulation of cell division / transferase activity
類似検索 - 分子機能
FicA antitoxin homologue YhfG / YhfG / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
D(-)-TARTARIC ACID / protein adenylyltransferase / DUF2559 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
Pseudomonas bijieensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, F.R. / Guo, L.W. / Lu, C.H. / Jiang, W.J. / Luo, Z.Q. / Liu, J.F. / Zhang, L.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31572045, 32272611, 32260702, 31901870 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The toxin-antitoxin complex Fic-1-AntF is a deAMPylase that regulates the activity of DNA gyrase
著者: Chen, F.R. / Guo, L.W. / Lu, C.H. / Jiang, W.J. / Luo, Z.Q. / Liu, J.F. / Zhang, L.Q.
履歴
登録2023年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell filamentation protein Fic
B: DUF2559 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1527
ポリマ－30,5912
非ポリマー5615
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.026, 107.026, 113.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cell filamentation protein Fic / fic-1


分子量: 23366.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A172JHQ3
#2: タンパク質 DUF2559 domain-containing protein


分子量: 7225.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas bijieensis (バクテリア)
遺伝子: GN234_08370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N1CBH0

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非ポリマー , 4種, 5分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Li2SO4, 0.1M MES pH 5.6, 0.01 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.41 Å / Num. obs: 13820 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 19.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1042 / Rpim(I) all: 0.02439 / Rrim(I) all: 0.1071 / Net I/σ(I): 23.02
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 1.187 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique obs: 1324 / CC1/2: 0.967 / Rpim(I) all: 0.2808 / Rrim(I) all: 1.221 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.41 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2685 --708
Rwork0.2117 ---
obs-13820 99.65 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1801 0 34 0 1835

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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