PDB-8wsw: The Crystal Structure of LIMK2a from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wsw

タイトル

The Crystal Structure of LIMK2a from Biortus

要素

LIM domain kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / ATP-binding / Metal-binding / Nucleotide-binding / Zinc

機能・相同性

機能・相同性情報

cornea development in camera-type eye / establishment of vesicle localization / head development / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of protein localization to nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Pan, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of LIMK2a from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Pan, W.

履歴

登録	2023年10月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wsw.cif.gz	250.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wsw.ent.gz	194.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wsw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wsw_validation.pdf.gz	6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wsw_full_validation.pdf.gz	6 MB	表示
XML形式データ	8wsw_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	8wsw_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/8wsw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/8wsw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LIM domain kinase 2

B: LIM domain kinase 2

C: LIM domain kinase 2

D: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.223, 104.175, 96.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.683, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 330 - 632 / Label seq-ID: 1 - 303

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
3	2	A	A
4	2	C	C
5	3	A	A
6	3	D	D
7	4	B	B
8	4	C	C
9	5	B	B
10	5	D	D
11	6	C	C
12	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	LIM domain kinase 2 / LIMK-2 分子量: 34581.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK2 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: P53671, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-LH0 / ~{N}-[5-[2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-5-[bis(fluoranyl)methyl]pyrazol-3-yl]-1,3-thiazol-2-yl]-2-methyl-propanamide 分子量: 431.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄Cl₂F₂N₄OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES ,7.3,10% w/vPEG 8000, 8%v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.35 Å / Num. obs: 53195 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.58 Å / R_merge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4615

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→48.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 10.787 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	2728	5.13 %
R_work	0.2093	50447	-
all	0.212	-	-
obs	-	53175	98.443 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.277 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.695 Å²	0 Å²	1.732 Å²
2-	-	-3.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8948	0	180	301	9429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	9375
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.65	12654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.1	1.578	20974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.973	22.821	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.654	15	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.07	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	8066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	4509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	4338
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.087	6.057	4509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.087	6.057	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.054	9.071	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.054	9.072	5630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.121	6.492	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.121	6.493	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.213	9.561	7022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.213	9.561	7023
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.062	69.988	10180
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.066	69.985	10157
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.049	0.05	9010
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.062	0.05	8866
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.061	0.05	8895
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.057	0.05	8894
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.058	0.05	8925
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.053	0.05	8908

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04883	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04883	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06186	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06186	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06091	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06091	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05677	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05677	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05829	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05829	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05304	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05304	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.423	196	0.343	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.087
2.565-2.635	0.358	188	0.303	3608	X-RAY DIFFRACTION	97.7091
2.635-2.711	0.325	216	0.29	3504	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.711-2.795	0.376	186	0.27	3472	X-RAY DIFFRACTION	99.3212
2.795-2.886	0.299	154	0.253	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.1754
2.886-2.988	0.296	158	0.253	3258	X-RAY DIFFRACTION	99.187
2.988-3.1	0.294	171	0.245	3155	X-RAY DIFFRACTION	99.1356
3.1-3.227	0.288	159	0.243	2989	X-RAY DIFFRACTION	98.9315
3.227-3.37	0.267	171	0.238	2859	X-RAY DIFFRACTION	98.6007
3.37-3.534	0.258	149	0.227	2712	X-RAY DIFFRACTION	97.7785
3.534-3.725	0.265	177	0.198	2561	X-RAY DIFFRACTION	98.0659
3.725-3.95	0.226	127	0.192	2431	X-RAY DIFFRACTION	97.5219
3.95-4.222	0.215	129	0.172	2332	X-RAY DIFFRACTION	98.756
4.222-4.56	0.191	106	0.155	2179	X-RAY DIFFRACTION	98.4489
4.56-4.994	0.2	120	0.157	1966	X-RAY DIFFRACTION	98.3498
4.994-5.581	0.233	106	0.18	1792	X-RAY DIFFRACTION	98.1386
5.581-6.44	0.235	78	0.191	1603	X-RAY DIFFRACTION	96.9435
6.44-7.876	0.169	60	0.146	1345	X-RAY DIFFRACTION	96.6965
7.876-11.092	0.188	50	0.14	1040	X-RAY DIFFRACTION	96.5456
11.092-48.35	0.268	27	0.229	596	X-RAY DIFFRACTION	94.5372

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関連情報:EMDBヘッダ

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