PDB-8ws2: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ws2

タイトル

Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine

要素

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / MTAP / complex / phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine
著者: Iizuka, Y. / Kikuchi, M. / Yamauchi, T. / Tsunoda, M.

履歴

登録	2023年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ws2.cif.gz	162.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ws2.ent.gz	103.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ws2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ws2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ws2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ws2_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8ws2_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/8ws2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/8ws2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wtaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Eluted in column chromatography at a time estimated to be the molecular weight of the trimer.
94.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.646, 77.646, 230.39
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-623- HOH
2	1	A-625- HOH
3	1	A-647- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTA phosphorylase / MTAP 分子量: 30777.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first M and second F are missing in the uploaded structure because the electron density could not be observed. 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 遺伝子: mtnP, APE_1885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9YAQ8, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

#1: タンパク質

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase / MTA phosphorylase / MTAP

分子量: 30777.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first M and second F are missing in the uploaded structure because the electron density could not be observed.
由来: (組換発現)

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)
遺伝子: mtnP, APE_1885 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9YAQ8, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 155分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE 分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化	温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4 詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir solution was as follows.15%(v/v)PEG#200,0.1 M phosphate citrate pH 5.4, 5 mM MTA

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 %

結晶化

温度: 293.2 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.4
詳細: The mixture of protein solution and agarose was filled into a glass capillary, and the capillary was immersed in the reservoir solution for crystallization. The composition of the reservoir ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.22→43.74 Å / Num. obs: 79813 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
1.22-1.24	10	2.221	3895	0.382	1.092	2.48
6.68-43.74	9	0.023	5046	0.999	0.011	0.025

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
Coot	0.9.8.95	モデル構築
MOLREP		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WTA

1wta

解像度: 1.22→38.853 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 1.585 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.166	4025	5.043 %
R_work	0.1422	75785	-
all	0.143	-	-
obs	-	79810	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0.003 Å²	0 Å²
2-	-	0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→38.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	49	150	2341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.93	1.818	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.665	1.754	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.92	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.009	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.153	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.682	10	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.06	10	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.987	1.351	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.983	1.351	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.739	2.434	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.737	2.434	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.352	1.637	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.353	1.638	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.795	2.877	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.792	2.878	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.891	15.62	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.89	15.624	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.908	3	4661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.22-1.252	0.31	272	0.281	5577	0.282	5849	0.931	0.939	100	0.281
1.252-1.286	0.281	271	0.257	5406	0.258	5677	0.942	0.95	100	0.256
1.286-1.323	0.276	267	0.244	5251	0.245	5518	0.945	0.957	100	0.24
1.323-1.364	0.249	269	0.228	5111	0.229	5381	0.955	0.962	99.9814	0.224
1.364-1.409	0.251	247	0.212	4999	0.213	5246	0.957	0.968	100	0.203
1.409-1.458	0.216	250	0.174	4837	0.176	5087	0.969	0.979	100	0.16
1.458-1.513	0.201	256	0.152	4574	0.155	4831	0.975	0.984	99.9793	0.134
1.513-1.575	0.175	240	0.127	4467	0.13	4707	0.981	0.989	100	0.109
1.575-1.644	0.144	240	0.108	4300	0.11	4540	0.986	0.992	100	0.091
1.644-1.725	0.156	217	0.103	4100	0.106	4318	0.985	0.993	99.9768	0.086
1.725-1.818	0.14	212	0.095	3920	0.097	4132	0.988	0.994	100	0.079
1.818-1.928	0.121	194	0.079	3687	0.081	3881	0.991	0.996	100	0.067
1.928-2.06	0.127	201	0.093	3485	0.095	3686	0.99	0.994	100	0.081
2.06-2.225	0.131	169	0.098	3268	0.099	3437	0.989	0.994	100	0.087
2.225-2.436	0.118	149	0.098	3003	0.099	3152	0.992	0.994	100	0.09
2.436-2.723	0.144	155	0.115	2728	0.117	2883	0.987	0.992	100	0.109
2.723-3.141	0.159	138	0.14	2422	0.141	2562	0.983	0.989	99.9219	0.136
3.141-3.841	0.148	118	0.159	2059	0.158	2178	0.987	0.985	99.9541	0.161
3.841-5.406	0.164	103	0.142	1625	0.143	1730	0.987	0.989	99.8844	0.156
5.406-38.853	0.204	57	0.246	966	0.244	1027	0.981	0.964	99.6105	0.263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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