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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wre | ||||||
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タイトル | Transporter bound with dopamine | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity ...serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopamine transport / dopaminergic synapse / monoamine transmembrane transporter activity / histamine secretion by mast cell / monoamine transport / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / neurotransmitter transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to amphetamine / post-embryonic development / secretory granule membrane / locomotory behavior / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / response to toxic substance / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / axon / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / dendrite / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Im, D. / Iwata, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Neurotransmitter recognition by human vesicular monoamine transporter 2. 著者: Dohyun Im / Mika Jormakka / Narinobu Juge / Jun-Ichi Kishikawa / Takayuki Kato / Yukihiko Sugita / Takeshi Noda / Tomoko Uemura / Yuki Shiimura / Takaaki Miyaji / Hidetsugu Asada / So Iwata / 要旨: Human vesicular monoamine transporter 2 (VMAT2), a member of the SLC18 family, plays a crucial role in regulating neurotransmitters in the brain by facilitating their uptake and storage within ...Human vesicular monoamine transporter 2 (VMAT2), a member of the SLC18 family, plays a crucial role in regulating neurotransmitters in the brain by facilitating their uptake and storage within vesicles, preparing them for exocytotic release. Because of its central role in neurotransmitter signalling and neuroprotection, VMAT2 is a target for neurodegenerative diseases and movement disorders, with its inhibitor being used as therapeutics. Despite the importance of VMAT2 in pharmacophysiology, the molecular basis of VMAT2-mediated neurotransmitter transport and its inhibition remains unclear. Here we show the cryo-electron microscopy structure of VMAT2 in the substrate-free state, in complex with the neurotransmitter dopamine, and in complex with the inhibitor tetrabenazine. In addition to these structural determinations, monoamine uptake assays, mutational studies, and pKa value predictions were performed to characterize the dynamic changes in VMAT2 structure. These results provide a structural basis for understanding VMAT2-mediated vesicular transport of neurotransmitters and a platform for modulation of current inhibitor design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wre.cif.gz | 157.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wre.ent.gz | 117.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wre.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wre_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wre_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wre_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wre_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/8wre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/8wre | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55749.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC18A2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q05940 |
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#2: 抗体 | 分子量: 24418.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: 抗体 | 分子量: 36424.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#4: 化合物 | ChemComp-LDP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VMAT2-Fab0801 complex apo state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.09 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5109: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1297524 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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