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- PDB-8wra: The Crystal Structure of CASP1 from Biortus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wra
タイトルThe Crystal Structure of CASP1 from Biortus
要素Caspase-1
キーワードHYDROLASE / Protease / Thiol protease / Apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex ...caspase-1 / protease inhibitor complex / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / IPAF inflammasome complex / The IPAF inflammasome / icosanoid biosynthetic process / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / positive regulation of interleukin-18 production / cytokine precursor processing / CARD domain binding / NLRP3 inflammasome complex / osmosensory signaling pathway / Interleukin-1 processing / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Interleukin-37 signaling / pattern recognition receptor signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / signaling receptor ligand precursor processing / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / cytokine binding / protein autoprocessing / The NLRP3 inflammasome / Pyroptosis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / NOD1/2 Signaling Pathway / cellular response to type II interferon / kinase binding / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / defense response to virus / microtubule / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. ...Caspase recruitment domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase C14 family / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of CASP1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.
履歴
登録2023年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2454
ポリマ－32,0591
非ポリマー1863
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Caspase-1
ヘテロ分子

A: Caspase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4908
ポリマ－64,1172
非ポリマー3726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.807, 62.807, 144.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-818-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Caspase-1 / CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / ICE / IL-1 ...CASP-1 / Interleukin-1 beta convertase / IL-1BC / Interleukin-1 beta-converting enzyme / ICE / IL-1 beta-converting enzyme / p45


分子量: 32058.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP1, IL1BC, IL1BCE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29466, caspase-1
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15M Na formate, 14% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→48.04 Å / Num. obs: 52141 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 1.042 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2526

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→47.394 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.116 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 2618 5.03 %
Rwork0.1916 49427 -
all0.193 --
obs-52045 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.006 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.074 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.074 Å2-0 Å2
3----0.148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→47.394 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 12 300 2272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0122153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.662919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3891.5784854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1545285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.671517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33910417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.51310102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1890.21790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2985
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1660.236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.10.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2551.3721036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2551.3721036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2242.4521301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2232.4521302
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3261.5671117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3261.5681118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2562.7751599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2562.7761600
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.49418.4372521
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.12415.7462399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.4880.3352070.3043563X-RAY DIFFRACTION99.9735
1.488-1.5280.2632040.2633500X-RAY DIFFRACTION100
1.528-1.5730.2351860.233396X-RAY DIFFRACTION100
1.573-1.6210.2111480.2113334X-RAY DIFFRACTION99.9713
1.621-1.6740.2091660.23211X-RAY DIFFRACTION100
1.674-1.7330.2431700.1993105X-RAY DIFFRACTION99.9695
1.733-1.7980.2361550.1943018X-RAY DIFFRACTION100
1.798-1.8710.1981650.1912882X-RAY DIFFRACTION100
1.871-1.9540.2261540.1952784X-RAY DIFFRACTION100
1.954-2.050.1971480.1892650X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.160.21400.1862565X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.2910.1861250.1782417X-RAY DIFFRACTION100
2.291-2.4490.1991060.1722290X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.6440.203950.1772156X-RAY DIFFRACTION100
2.644-2.8960.194970.1651980X-RAY DIFFRACTION100
2.896-3.2360.192870.1781810X-RAY DIFFRACTION100
3.236-3.7340.197820.1711620X-RAY DIFFRACTION100
3.734-4.5660.178730.171380X-RAY DIFFRACTION99.9312
4.566-6.4280.251710.2131092X-RAY DIFFRACTION100
6.428-47.3940.249390.221674X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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