PDB-8wr8: The Crystal Structure of cGAS from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wr8

タイトル

The Crystal Structure of cGAS from Biortus

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / DNA-binding / Nucleotidyltransferase / Antiviral defense / DNA damage / DNA repair / Host-virus interaction / Immunity / Innate immunity / ATP-binding / GTP-binding / Lipid-binding / Magnesium / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of cGAS from Biortus
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

履歴

登録	2023年10月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wr8.cif.gz	147.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wr8.ent.gz	110.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wr8_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wr8_full_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示
XML形式データ	8wr8_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8wr8_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/8wr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/8wr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic GMP-AMP synthase

B: Cyclic GMP-AMP synthase

85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic GMP-AMP synthase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cyclic GMP-AMP synthase

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.880, 112.049, 59.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.847, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 162 - 520 / Label seq-ID: 4 - 362

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 42549.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Imidazole pH8.0, 16% PEG8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→48.89 Å / Num. obs: 13050 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2380

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→48.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.896 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.813 / SU B: 37.945 / SU ML: 0.644 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.68 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3286	597	4.581 %
R_work	0.2744	12434	-
all	0.277	-	-
obs	-	13031	99.542 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.197 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.348 Å²	0 Å²	3.873 Å²
2-	-	3.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5340	0	0	12	5352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.013	5436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.118	1.642	7288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	1.589	12396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.236	5	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.159	22.329	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.431	15	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.408	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.028	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5896
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.146	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.146	0.2	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.144	0.2	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.104	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.107	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.373	9.488	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.373	9.488	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.522	14.215	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.522	14.215	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.826	9.557	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.826	9.557	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.624	14.298	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.624	14.298	4094
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.168	107.183	5928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.168	107.168	5927
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.061	0.05	10444

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06116	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06116	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.18	0.398	43	0.366	927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.267	0.372	30	0.351	896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.267-3.362	0.437	36	0.359	889	X-RAY DIFFRACTION	99.5694
3.362-3.465	0.389	50	0.362	813	X-RAY DIFFRACTION	99.424
3.465-3.578	0.312	37	0.312	821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.578-3.703	0.361	36	0.311	789	X-RAY DIFFRACTION	99.8789
3.703-3.842	0.309	35	0.292	757	X-RAY DIFFRACTION	98.6301
3.842-3.998	0.33	38	0.276	764	X-RAY DIFFRACTION	99.8755
3.998-4.175	0.314	18	0.274	679	X-RAY DIFFRACTION	99.8567
4.175-4.377	0.283	45	0.272	677	X-RAY DIFFRACTION	99.7238
4.377-4.613	0.268	30	0.253	668	X-RAY DIFFRACTION	99.7143
4.613-4.89	0.325	34	0.241	577	X-RAY DIFFRACTION	99.6737
4.89-5.225	0.343	29	0.245	568	X-RAY DIFFRACTION	99.6661
5.225-5.64	0.318	21	0.272	538	X-RAY DIFFRACTION	98.9381
5.64-6.172	0.365	37	0.287	472	X-RAY DIFFRACTION	99.8039
6.172-6.89	0.394	29	0.308	435	X-RAY DIFFRACTION	99.3576
6.89-7.936	0.392	25	0.228	401	X-RAY DIFFRACTION	99.7658
7.936-9.671	0.24	14	0.179	340	X-RAY DIFFRACTION	98.6072
9.671-13.477	0.156	10	0.155	257	X-RAY DIFFRACTION	98.524
13.477-48.89		0	0.292	166	X-RAY DIFFRACTION	94.8571

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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