PDB-8wr5: The Crystal Structure of Mms2 from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wr5

タイトル

The Crystal Structure of Mms2 from Biortus

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / Ubl conjugation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

error-free postreplication DNA repair / UBC13-MMS2 complex / DNA double-strand break processing / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination /

postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / protein K63-linked ubiquitination /

regulation of DNA repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Mms2 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Guo, S.

履歴

登録	2023年10月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wr5.cif.gz	45.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wr5.ent.gz	28.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/8wr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/8wr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

ヘテロ分子

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.967, 53.686, 108.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-334- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 / DDVit 1 / Enterocyte differentiation-associated factor 1 / EDAF-1 / Enterocyte differentiation- ...DDVit 1 / Enterocyte differentiation-associated factor 1 / EDAF-1 / Enterocyte differentiation-promoting factor 1 / EDPF-1 / MMS2 homolog / Vitamin D3-inducible protein 分子量: 16380.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2V2, MMS2, UEV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15819
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Li2SO4,0.1 M NaAC pH5.5,10% PEG 1000,10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953685 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953685 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.07 Å / Num. obs: 13856 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 713

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→33.085 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.464 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	704	5.093 %
R_work	0.1777	13120	-
all	0.179	-	-
obs	-	13824	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.737 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.289 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1091	0	13	61	1165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.666	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.426	1.569	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.974	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.585	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.373	10	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.73	10	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.375	2.928	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.349	2.926	555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.232	5.257	694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.235	5.26	695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.535	3.41	590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.534	3.41	591
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.674	6.037	854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.671	6.036	855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.213	30.238	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.188	29.347	1277

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.261	50	0.253	942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.744-1.792	0.254	55	0.242	927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.843	0.27	66	0.22	873	X-RAY DIFFRACTION	99.8936
1.843-1.9	0.235	45	0.212	900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.962	0.265	43	0.212	833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.962-2.031	0.223	49	0.182	828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.031-2.107	0.199	46	0.18	801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.107-2.193	0.258	48	0.172	753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.193-2.29	0.238	33	0.172	762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.401	0.214	42	0.175	692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.401-2.53	0.241	28	0.17	678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.683	0.211	25	0.187	665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.867	0.234	25	0.172	610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-3.094	0.219	27	0.181	585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.387	0.216	17	0.176	530	X-RAY DIFFRACTION	99.8175
3.387-3.781	0.19	24	0.168	486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.781-4.357	0.198	25	0.151	416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.357-5.313	0.172	19	0.147	369	X-RAY DIFFRACTION	100
5.313-7.419	0.235	20	0.193	284	X-RAY DIFFRACTION	100
7.419-33.085	0.135	17	0.135	186	X-RAY DIFFRACTION	99.5098

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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