PDB-8wqj: Crystal Structure of Transaminase from Shimia marina

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wqj

タイトル

Crystal Structure of Transaminase from Shimia marina

要素

Transaminase from Shimia marina

キーワード

TRANSFERASE / transaminase

機能・相同性

PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Shimia marina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Heo, Y.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Transaminase from Shimia marina
著者: Heo, Y.S.

履歴

登録	2023年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wqj.cif.gz	372.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wqj.ent.gz	303.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wqj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wqj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wqj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8wqj_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	8wqj_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/8wqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/8wqj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transaminase from Shimia marina

B: Transaminase from Shimia marina

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.710, 73.440, 184.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transaminase from Shimia marina 分子量: 54000.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shimia marina (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→29.61 Å / Num. obs: 49439 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.95
反射シェル	解像度: 2.14→2.216 Å / Num. unique obs: 4867 / CC_1/2: 0.763

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.14→29.61 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	2469	5 %
R_work	0.1759	-	-
obs	0.1778	49429	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7184	0	17	533	7734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	10015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.637	1006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.18	0.2557	135	0.2223	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.2707	137	0.2203	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2646	133	0.2065	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.33	0.2475	136	0.1993	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.39	0.2236	135	0.1952	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.2194	136	0.2006	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.52	0.255	136	0.1894	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.2441	135	0.1906	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.7	0.2231	137	0.1898	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.8	0.2328	136	0.1839	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.93	0.2386	136	0.1853	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.09	0.2241	137	0.181	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.28	0.2046	136	0.1804	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.53	0.2324	137	0.1676	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.89	0.2048	139	0.157	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.45	0.1684	139	0.1444	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-5.6	0.1729	141	0.1555	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-29.61	0.2205	148	0.1741	2811	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7631	-0.3534	0.3269	0.94	0.1252	1.1168	-0.0124	-0.1024	0.0222	0.1229	-0.0379	-0.1662	-0.0017	0.1559	0.0472	0.2071	-0.0071	-0.0118	0.2226	0.0078	0.2494	36.9276	50.104	127.3299
2	0.9391	0.7788	0.3203	1.8301	-0.0304	0.2257	0.1966	-0.2073	0.0931	0.4111	-0.1774	0.0823	0.1137	-0.0286	0.018	0.3212	0.0369	0.0383	0.237	-0.0366	0.2359	17.0375	55.2366	133.2817
3	0.3169	0.3276	-0.0818	0.3302	-0.1662	0.9085	-0.0276	-0.0537	-0.0016	-0.0304	-0.0015	0.207	-0.0161	-0.0653	0.0213	0.1876	0.0181	0.0206	0.2083	-0.0275	0.2488	4.5333	51.8297	116.5093
4	0.503	0.0584	0.0658	0.9883	0.1446	0.8129	0.0086	0.103	0.0664	-0.2834	-0.0485	0.0406	-0.0765	0.0559	0.0464	0.2448	0.0054	-0.0123	0.2158	0.004	0.1798	19.2359	63.5136	100.1729
5	0.1529	-0.0075	-0.1836	0.6229	-0.0997	0.3919	0.0082	0.0248	0.011	-0.0409	0.0022	0.1866	0.0036	-0.0263	-0.0012	0.2086	0.0291	-0.0296	0.2193	-0.0311	0.227	8.9897	61.6693	112.1138
6	1.1601	0.1281	-0.3067	1.2052	-0.0188	0.881	-0.0416	-0.1431	0.242	-0.0938	-0.0408	0.2212	-0.2191	-0.0084	0.0781	0.2246	-0.0182	-0.0326	0.1763	-0.0317	0.1937	18.2219	70.4978	127.7174
7	1.9537	-0.1576	-0.3517	0.9304	0.1538	1.2134	0.0094	-0.2062	-0.0097	-0.0965	-0.0848	-0.0999	0.1345	0.4638	0.091	0.2321	0.0041	-0.0125	0.3396	0.0289	0.2218	37.942	71.9555	112.8451
8	1.1032	0.2038	-0.4195	0.6558	-0.2976	1.5823	0.0456	-0.1544	0.0697	0.0264	-0.1353	-0.2189	-0.2197	0.5875	0.0718	0.2161	-0.0466	-0.0225	0.2744	0.0166	0.2738	39.2432	72.4558	117.138
9	0.9069	-0.3002	-0.239	0.9377	-0.0565	0.9788	-0.136	-0.2389	-0.0234	0.2235	0.0201	0.4025	-0.021	-0.1851	0.1542	0.2617	0.029	0.0737	0.3327	-0.0625	0.3683	-3.9917	44.729	126.6131
10	0.747	0.784	-0.3336	2.1777	0.0228	0.3735	0.1387	-0.1709	0.0258	0.643	-0.0812	0.1468	0.0273	-0.0443	-0.0127	0.3746	0.0037	0.069	0.2671	-0.0147	0.22	15.7747	40.2133	133.895
11	0.289	0.1114	0.1943	0.7158	0.0855	0.3495	0.006	0.0289	-0.0701	-0.0586	-0.0005	-0.0139	0.0397	0.0464	-0.0049	0.1804	0.0354	0.0111	0.1743	-0.002	0.1675	21.7907	33.1661	109.7152
12	0.9714	0.4702	0.1998	1.6317	0.0506	0.5452	0.0316	-0.1734	-0.2779	0.1676	-0.0953	-0.0093	0.1891	-0.0056	0.0789	0.2842	-0.0068	0.052	0.2472	0.0156	0.2336	14.6266	24.517	129.5024
13	1.9196	-0.4743	0.1473	1.1276	-0.3176	1.0713	0.0567	0.0464	0.2241	-0.0886	-0.0248	0.5793	-0.0181	-0.2884	-0.0335	0.2212	-0.0225	0.0067	0.3108	0.0147	0.3996	-4.1828	22.0394	113.4872
14	1.5524	0.0863	-0.0412	1.2316	-0.2814	1.1277	0.0564	-0.1682	-0.0207	0.0696	-0.0693	0.5295	0.1297	-0.6655	0.027	0.2379	-0.0593	0.0668	0.34	-0.0347	0.4595	-5.0437	23.5153	121.6018
15	3.836	-6.256	-4.2465	2.0001	8.6734	4.9716	0.1529	-0.0373	0.1046	-0.12	0.0852	-0.2619	-0.0031	0.0739	-0.2254	0.2529	0.0004	0.0637	0.2433	-0.0246	0.1676	13.292	37.5665	115.1523
16	2.3427	-2.2379	3.7804	2	-5.2293	6.2822	0.0941	-0.0144	-0.046	-0.0599	0.1097	0.2614	-0.0102	-0.0741	-0.2451	0.2844	-0.0222	0.0935	0.3457	-0.0026	0.242	20.2316	56.2823	114.5577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 241 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 242 through 327 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 328 through 367 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 368 through 413 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 414 through 473 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 59 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 60 through 84 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 85 through 327 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 328 through 367 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 368 through 412 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 413 through 463 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 501 through 501)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 501 through 501)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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