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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wq9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dihydropyrimidinase complexed with gamma-aminobutyric acid | ||||||
![]() | D-hydantoinase/dihydropyrimidinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / dihydropyrimidinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropyrimidinase / dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, Y.H. / Huang, C.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The complexed crystal structure of dihydropyrimidinase reveals a potential interactive link with the neurotransmitter gamma-aminobutyric acid (GABA). 著者: Huang, Y.H. / Huang, C.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 62.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53144.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PAO1 / 遺伝子: dht, PA0441 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ABU / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18%PEG8000, 100mM Tris-HCl pH7.0, 200mM Calcium Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→30 Å / Num. obs: 75195 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 7479 / CC1/2: 0.921 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→27.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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