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- PDB-8wq5: Crystal structure of the C-terminal RRM domain of an RBP in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wq5
タイトルCrystal structure of the C-terminal RRM domain of an RBP in complex with ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
  • RNA-binding protein 45
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA / RBM45 / RRM / ALS / FTLD / RNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nervous system development / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RBM45, RNA recognition motif 1 / RBM45, RNA recognition motif 2 / RBM45, RNA recognition motif 3 / RBM45, RNA recognition motif 4 / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / RNA-binding protein 45
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Chen, X. / Yang, Z. / Chen, X. / Wei, Q. / Guo, S. / Jiang, M. / Wang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2108085MC75 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis for RNA recognition by the C-terminal RRM domain of human RBM45.
著者: Chen, X. / Wei, Q. / Yang, Z. / Chen, X. / Guo, S. / Jiang, M. / Wang, M.
履歴
登録2023年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 45
B: RNA-binding protein 45
C: RNA-binding protein 45
D: RNA-binding protein 45
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,87110
ポリマ－61,6878
非ポリマー1842
水11,458636
1
A: RNA-binding protein 45
E: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4222
ポリマ－15,4222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
2
B: RNA-binding protein 45
F: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5143
ポリマ－15,4222
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
3
C: RNA-binding protein 45
G: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4222
ポリマ－15,4222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6680 Å2
手法PISA
4
D: RNA-binding protein 45
H: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5143
ポリマ－15,4222
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.403, 83.767, 77.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein 45 / Developmentally-regulated RNA-binding protein 1 / RB-1 / RNA-binding motif protein 45


分子量: 13274.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM45, DRB1, DRBP1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUH3
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*CP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 2147.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 8% PEG 2000 and 0.1M succinic acid, pH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 64857 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 327484
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.65-1.715.10.97464600.8410.9560.4681.0841.02699.8
1.71-1.784.90.69664370.8680.9640.3410.7781.09899.7
1.78-1.865.10.48364620.9230.980.2350.5391.09799.7
1.86-1.965.10.33264570.9540.9880.1630.3721.11799.8
1.96-2.085.10.22864630.9730.9930.1130.2561.084100
2.08-2.2450.16764990.980.9950.0840.1881.06199.8
2.24-2.465.10.12864680.9880.9970.0640.1431.06599.9
2.46-2.825.10.165060.9910.9980.0510.1131.07799.9
2.82-3.555.10.07565020.9950.9990.0380.0841.04999.9
3.55-504.80.06666030.9950.9990.0340.0750.97899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→38.97 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 3187 4.93 %
Rwork0.1584 --
obs0.1608 64589 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 450 12 636 4194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2141533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.27091260.22822559X-RAY DIFFRACTION96
1.67-1.70.22681310.19282668X-RAY DIFFRACTION99
1.7-1.730.24041170.18632635X-RAY DIFFRACTION99
1.73-1.760.27411420.18132670X-RAY DIFFRACTION99
1.76-1.790.24321390.1762650X-RAY DIFFRACTION99
1.79-1.820.2251460.17092646X-RAY DIFFRACTION99
1.82-1.860.22411530.16172656X-RAY DIFFRACTION99
1.86-1.90.20961590.15892617X-RAY DIFFRACTION99
1.9-1.950.19441530.16542660X-RAY DIFFRACTION99
1.95-1.990.22291730.15492629X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.19481440.14522676X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.21391210.14592687X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.23431360.15122661X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.250.2221090.14642724X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.340.19231350.14782691X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.450.18761400.15112643X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.580.20341320.15492703X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.740.22141230.16562692X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.950.20681470.17272687X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.250.20691450.16792695X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.720.22161330.14872700X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.690.16751550.13062712X-RAY DIFFRACTION100
4.69-38.970.19291280.17412741X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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