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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wq4 | ||||||
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タイトル | Structural basis of translation inhibition by a valine tRNA-derived fragment | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Sulfolobus acidocaldarius ribosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å | ||||||
![]() | Wang, Y.H. / Zhou, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of translation inhibition by a valine tRNA-derived fragment. 著者: Yun Wu / Meng-Ting Ni / Ying-Hui Wang / Chen Wang / Hai Hou / Xing Zhang / Jie Zhou / ![]() 要旨: Translational regulation by non-coding RNAs is a mechanism commonly used by cells to fine-tune gene expression. A fragment derived from an archaeal valine tRNA (Val-tRF) has been previously ...Translational regulation by non-coding RNAs is a mechanism commonly used by cells to fine-tune gene expression. A fragment derived from an archaeal valine tRNA (Val-tRF) has been previously identified to bind the small subunit of the ribosome and inhibit translation in Here, we present three cryo-electron microscopy structures of Val-tRF bound to the small subunit of ribosomes at resolutions between 4.02 and 4.53 Å. Within these complexes, Val-tRF was observed to bind to conserved RNA-interacting sites, including the ribosomal decoding center. The binding of Val-tRF destabilizes helices h24, h44, and h45 and the anti-Shine-Dalgarno sequence of 16S rRNA. The binding position of this molecule partially overlaps with the translation initiation factor aIF1A and occludes the mRNA P-site codon. Moreover, we found that the binding of Val-tRF is associated with steric hindrance of the H69 base of 23S rRNA in the large ribosome subunit, thereby preventing 70S assembly. Our data exemplify how tRNA-derived fragments bind to ribosomes and provide new insights into the mechanisms underlying translation inhibition by Val-tRFs. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 104.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 177.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 37734MC ![]() 8wkpC ![]() 8wq2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 A16SVTRF
#1: RNA鎖 | 分子量: 486920.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 2440479486 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 8411.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
+30S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 AS2PAS4EAS4PAS5PAS6EAS8ES11PS12PS15PS17PS24ES27ES3AEAS3PAS7PAS9PS10PS13PS14PS17ES19ES19PS27AS28E
-タンパク質 , 2種, 2分子 SL7AAS8P
#27: タンパク質 | 分子量: 13351.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpl7ae, Saci_1520 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4J8P1 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 14624.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rps8, Saci_0582 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O05636 |
-非ポリマー , 1種, 57分子 ![](data/chem/img/UNK.gif)
#29: 化合物 | ChemComp-UNK / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Sulfolobus acidocaldarius ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #2, #1, #3-#8, #28, #9-#28 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 26.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5281 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 460.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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