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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wpe | ||||||
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タイトル | Structure of monkeypox virus polymerase complex F8-A22-E4-H5 (tag-free A22) with exogenous DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Viral DNA replication / monkeypox virus / polymerase / H5 | ||||||
機能・相同性 | 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Li, N. / Gao, N. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the assembly and mechanism of mpox virus DNA polymerase complex F8-A22-E4-H5. 著者: Xiaohan Wang / Liangwen Ma / Ningning Li / Ning Gao / 要旨: The DNA replication of mpox virus is performed by the viral polymerase F8 and also requires other viral factors, including processivity factor A22, uracil DNA glycosylase E4, and phosphoprotein H5. ...The DNA replication of mpox virus is performed by the viral polymerase F8 and also requires other viral factors, including processivity factor A22, uracil DNA glycosylase E4, and phosphoprotein H5. However, the molecular roles of these viral factors remain unclear. Here, we characterize the structures of F8-A22-E4 and F8-A22-E4-H5 complexes in the presence of different primer-template DNA substrates. E4 is located upstream of F8 on the template single-stranded DNA (ssDNA) and is catalytically active, highlighting a functional coupling between DNA base-excision repair and DNA synthesis. Moreover, H5, in the form of tetramer, binds to the double-stranded DNA (dsDNA) region downstream of F8 in a similar position as PCNA (proliferating cell nuclear antigen) does in eukaryotic polymerase complexes. Omission of H5 or disruption of its DNA interaction showed a reduced synthesis of full-length DNA products. These structures provide snapshots for the working cycle of the polymerase and generate insights into the mechanisms of these essential factors in viral DNA replication. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wpe.cif.gz | 383.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wpe.ent.gz | 289 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wpe_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wpe_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wpe_validation.xml.gz | 60.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wpe_validation.cif.gz | 89.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/8wpe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 117147.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: URK20494.1 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: URK20570.1 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: タンパク質 | 分子量: 25107.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: URK20538.1 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: タンパク質 | 分子量: 23107.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: URK20532.1 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 HI
#5: DNA鎖 | 分子量: 10802.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 14736.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#7: 化合物 | ChemComp-D3T / |
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#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 59.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1660000 / 対称性のタイプ: POINT |