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- PDB-8wp5: Crystal structure of LbUGT1 in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wp5
タイトルCrystal structure of LbUGT1 in complex with UDP
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Lycibarbarspermidines / Biosynthesis / Glycosyltransferase
機能・相同性URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Lycium barbarum (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57005953651 Å
データ登録者Hu, D. / Wang, G.Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Functional and structural dissection of glycosyltransferases underlying the glycodiversity of wolfberry-derived bioactive ingredients lycibarbarspermidines.
著者: Li, S.Y. / Wang, G.Q. / Long, L. / Gao, J.L. / Zhou, Z.Q. / Wang, Y.H. / Lv, J.M. / Chen, G.D. / Hu, D. / Abe, I. / Gao, H.
履歴
登録2023年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4123
ポリマ－54,9731
非ポリマー4402
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.240, 122.240, 81.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 54972.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lycium barbarum (ナス科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 292.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES sodium hydroxide, 200 mM Ammonium sulfate, 10% 2-propanol, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→48.902 Å / Num. obs: 20277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 60.6546327524 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / Num. unique obs: 1468 / CC1/2: 0.794

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57005953651→48.901758191 Å / SU ML: 0.391823981736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34355005509 / 位相誤差: 31.1015916996
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285618105289 2000 9.8867961837 %
Rwork0.242887677682 18229 -
obs0.247081308695 20229 99.9802303168 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.7668723766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57005953651→48.901758191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3736 0 26 21 3783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002975737370663847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6426878123095202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418318315667577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053735006833664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3059673712290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5701-2.63430.4002965620911400.338745299911279X-RAY DIFFRACTION99.9295774648
2.6343-2.70550.4088996152121400.3032609254461271X-RAY DIFFRACTION100
2.7055-2.78520.3684715512341400.3128862382721279X-RAY DIFFRACTION100
2.7852-2.8750.3552472064451400.2912515699671285X-RAY DIFFRACTION100
2.875-2.97780.3271840131851400.2946444594351268X-RAY DIFFRACTION100
2.9778-3.0970.346591759931400.2985200026231278X-RAY DIFFRACTION100
3.097-3.23790.3853468361071430.2862491470591297X-RAY DIFFRACTION100
3.2379-3.40860.3189883579021410.2823621698831291X-RAY DIFFRACTION100
3.4086-3.62210.2621620907081410.2597633397251285X-RAY DIFFRACTION100
3.6221-3.90160.3262718113951440.2415533395051310X-RAY DIFFRACTION100
3.9016-4.29410.2562131953621420.2205715691741298X-RAY DIFFRACTION100
4.2941-4.91490.2476859920311460.1931595058171327X-RAY DIFFRACTION100
4.9149-6.19030.2687104287511470.2381169935471337X-RAY DIFFRACTION100
6.1903-48.9010.2207611770931560.2109232234831424X-RAY DIFFRACTION99.8104864182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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