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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wow | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana UDP-glucose 4-epimerase 2 (AtUGE2) complexed with UDP, I160L/G233A mutant | ||||||||||||
![]() | UDP-glucose 4-epimerase 2 | ||||||||||||
![]() | ISOMERASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() salicylic acid binding / UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / cell wall biogenesis / galactose catabolic process via UDP-galactose / cell wall organization / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Matsumoto, M. / Umezawa, A. / Kotake, T. / Fushinobu, S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cytosolic UDP-L-arabinose synthesis by bifunctional UDP-glucose 4-epimerases in Arabidopsis. 著者: Umezawa, A. / Matsumoto, M. / Handa, H. / Nakazawa, K. / Miyagawa, M. / Seifert, G.J. / Takahashi, D. / Fushinobu, S. / Kotake, T. #1: ジャーナル: Biochem J / 年: 2009 タイトル: Bifunctional cytosolic UDP-glucose 4-epimerases catalyse the interconversion between UDP-D-xylose and UDP-L-arabinose in plants. 著者: Kotake, T. / Takata, R. / Verma, R. / Takaba, M. / Yamaguchi, D. / Orita, T. / Kaneko, S. / Matsuoka, K. / Koyama, T. / Reiter, W.D. / Tsumuraya, Y. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 149.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8wopC ![]() 8wovC ![]() 1ek6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40612.758 Da / 分子数: 2 / 変異: I160L,G233A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UGE2 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20-22% (w/v) PEG3350 and 0.16-0.18 M magnesium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→49.11 Å / Num. obs: 22589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.84 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2701 / CC1/2: 0.852 / Rpim(I) all: 0.257 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EK6 解像度: 2.6→49.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 11.613 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.444 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→49.11 Å
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拘束条件 |
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