[日本語] English
万見
- PDB-8woh: human dsDNA sensor CCDC25 complexed with 18bp DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8woh
タイトルhuman dsDNA sensor CCDC25 complexed with 18bp DNA
要素
  • (18bp DNA) x 2
  • Coiled-coil domain-containing protein 25
キーワードDNA BINDING PROTEIN / dsDNA / sensor / complex / NET DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell motility / endomembrane system / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jlp2/Ccd25 / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Coiled-coil domain-containing protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wen, Y. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: human dsDNA sensor CCDC25 complexed with 18bp DNA
著者: Wen, Y. / Wu, B.X.
履歴
登録2023年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 18bp DNA
D: 18bp DNA
B: Coiled-coil domain-containing protein 25
A: Coiled-coil domain-containing protein 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5854
ポリマ－57,5854
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.660, 77.964, 99.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1(chain "B" and resid -4 through 176)
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 4 or resid 6 through 15))
d_2ens_2(chain "D" and ((resid 2 and (name O5" or name...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1HISHISLYSLYSAD-4 - 1765 - 185
d_2ens_1HISHISLYSLYSBC-4 - 1765 - 185
d_1ens_2DGDGDCDCCA1 - 43 - 6
d_2ens_2DGDGDCDCDB2 - 54 - 7

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.93138678649, -0.0499627181067, -0.360586162729), (0.009053451923, -0.993409437331, 0.114261650744), (-0.363918519672, 0.103157242217, 0.925700758571)28.0942769596, -3.95591218101, 5.32701816273
2given(-0.824626175586, -0.564060364869, 0.0427501499786), (-0.564824544424, 0.816877345875, -0.11698134814), (0.0310629128644, -0.120612215717, -0.992213580266)-34.1157498335, -9.45650339731, 2.76575437304

-
要素

#1: DNA鎖 18bp DNA


分子量: 5827.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 18bp DNA


分子量: 5818.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 25


分子量: 22969.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WR0
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.0, 10% MPD pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 9651 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 130.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.274 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1376 / CC1/2: 0.595 / Rpim(I) all: 0.498 / Rrim(I) all: 1.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 3.2→28.2 Å / SU ML: 0.4167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.6506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 473 4.92 %
Rwork0.2299 9141 -
obs0.233 9614 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 131.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 650 0 0 3686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28645267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0148563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8946707
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.44179135855
ens_2d_2ACX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.22460808388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.660.36591520.30092982X-RAY DIFFRACTION99.94
3.66-4.610.33811450.28763031X-RAY DIFFRACTION99.97
4.61-28.20.2641760.1953128X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.8226707652 Å / Origin y: -2.18187519225 Å / Origin z: -14.3332652664 Å
111213212223313233
T0.638039715788 Å2-0.0876610122999 Å2-0.0183158710932 Å2-0.592898468724 Å20.0460075476615 Å2--0.596144656769 Å2
L2.90362601912 °2-0.6475538572 °2-0.737993350264 °2-2.64093325334 °20.956864308097 °2--2.33438299044 °2
S0.0246891948845 Å °0.0591541604963 Å °0.599490426847 Å °-0.0015627522576 Å °0.133620752324 Å °-0.0635143911895 Å °-0.203553584772 Å °0.0235414404513 Å °-0.148909933137 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る