PDB-8wn6: Crystal structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 E352Q sophorose c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wn6

タイトル

Crystal structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 E352Q sophorose complex

要素

beta-glucosidase Td2F2

キーワード

HYDROLASE / beta-Glucosidase / E352Q nucleophile mutants / Sophorose complex

機能・相同性

MALONIC ACID

機能・相同性情報

生物種

metagenomes (その他)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Lin, C.C. / Lu, T.J. / Fushinobu, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Specific Hydrolysis and Synthesis of beta-1-2-glucosidic linkage by Glucose-tolerant beta-glucosidase Td2F2
著者: Lin, C.C. / Lu, T.J. / Fushinobu, S.

履歴

登録	2023年10月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wn6.cif.gz	109.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wn6.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/8wn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/8wn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wn5C 8wnaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta-glucosidase Td2F2

ヘテロ分子

52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.542, 68.978, 96.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質

beta-glucosidase Td2F2

分子量: 51561.605 Da / 分子数: 1 / 変異: E352Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenomes (その他) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: beta-glucosidase

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

-
非ポリマー , 4種, 235分子

#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: CHES, K/Na tartrate, LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→48.31 Å / Num. obs: 55824 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.021 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.03 / Χ²: 0.66 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique obs: 2703 / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.42 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→48.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.452 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19259	2850	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16475	-	-	-
obs	0.16621	52974	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.72 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.64→48.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3462	0	74	231	3767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.753	1.652	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.607	1.571	7537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.611	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.188	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.921	10	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.399	1.124	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.379	1.124	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.039	2.014	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.04	2.016	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.25	1.375	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.25	1.376	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.518	2.41	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.329	12.33	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.328	12.33	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	200	-
R_work	0.18	3823	-
obs	-	-	99.04 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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