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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wmk | ||||||
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タイトル | Structure of ConA/Man2 | ||||||
![]() | Concanavalin-A | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Mannose binding protein / Concanavalin-A | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, L. / Chen, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rational design of inducing ligands with three-dimensional supramolecular interactions to build protein crystalline frameworks. 著者: Li, L. / Chen, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8wmgC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/MAN.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: Author stated: This sequence is a mature form of the provided reference P02866. 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 77分子 ![](data/chem/img/WU0.gif)
![](data/chem/img/ETA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ETA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-WU0 / | ||||||
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#3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: buffer: 20 mM HEPES, 5 mM CaCl2, 5 mM MnCl2; pH = 7.2, precipitant: Ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年9月16日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→71.83 Å / Num. obs: 45376 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.194 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 196533 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.095 / Num. unique obs: 6599 / CC1/2: 0.496 / Rpim(I) all: 0.595 / Rrim(I) all: 0.251 / Χ2: 0.93 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.187 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.17→71.83 Å
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拘束条件 |
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