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- PDB-8wls: Bcl-xL in complex with HBx BH3 delta C peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wls
タイトルBcl-xL in complex with HBx BH3 delta C peptide
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Protein X
キーワードAPOPTOSIS / Complex / interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / host cell mitochondrion / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / viral genome replication / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / RAS processing / male gonad development / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / nuclear membrane / in utero embryonic development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / centrosome / DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / host cell nucleus / apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transactivation protein X / Trans-activation protein X / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Transactivation protein X / Trans-activation protein X / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kobayashi, N. / Nagata, T. / Kusunoki, H.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06152 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06524 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K05664 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)22ak0101097 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K06574 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Interaction between the C-Terminal-Deleted BH3-like Motif Peptide of Hepatitis B Virus X Protein and Bcl-x L.
著者: Kusunoki, H. / Sakamoto, T. / Kobayashi, N. / Kohno, T. / Wakamatsu, K. / Nagata, T.
履歴
登録2023年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7282
ポリマ－20,7282
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #20lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1


分子量: 17897.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Protein X / HBx / Peptide X / pX


分子量: 2830.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GSHM is vector-derived residues. The C-terminal Glycine is derived from the glycine-serine linker before Bcl-xL in the HBx-linker-Bcl-xL fusion protein.
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YKJ6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
132isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic13D HNCO
152isotropic13D HNCA
1112isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HBHA(CO)NH
182isotropic13D (H)CC(CO)NH
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
162isotropic13D CCH-TOCSY
1122isotropic13D 1H-13C NOESY
1132isotropic13D 1H-15N NOESY
1142isotropic13D [F1] 13C,15N-filtered 1H-13C-NOESY
2152isotropic13D [F1] 13C,15N-filtered 1H-13C-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-15N] HBx-Bcl-xL fusion, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] HBx-Bcl-xL fusion, 1.2 mM Non Bcl-xL, 0.3 mM [U-13C; U-15N] HBx, 90% H2O/10% D2O13C/15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMHBx-Bcl-xL fusion[U-15N]1
0.5 mMHBx-Bcl-xL fusion[U-13C; U-15N]2
1.2 mMBcl-xLNon2
0.3 mMHBx[U-13C; U-15N]2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM potassium phosphate, 50 mM NaCl, 1 mM DTT50 mMcondition-16.81 atm308 K
220 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT50 mMcondition-271 atm308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
MagRO-NMRViewNaohiro, Kobayashiデータ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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