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万見
- PDB-8wl6: Structure of 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wl6
タイトルStructure of 1,3-beta-glucan synthase component FKS1
要素1,3-beta-glucan synthase component FKS1
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / actin cortical patch / cellular bud tip ...fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / fungal-type cell wall biogenesis / cellular bud / ascospore wall assembly / actin cortical patch / cellular bud tip / fungal-type cell wall / cellular bud neck / regulation of cell size / positive regulation of endocytosis / cell periphery / mitochondrion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 1,3-beta-glucan synthase component FKS1, second domain / Glycosyl transferase, family 48 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1-like, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase component / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-beta-glucan synthase component FKS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Li, J.L. / Zhu, A.Q. / Liu, J.X. / Dai, X.L. / Wang, X. / Yan, C.Y. / Deng, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the β-1,3-glucan synthase FKS1-Rho1 complex.
著者: Jialu Li / Huayi Liu / Jian Li / Juxiu Liu / Xinli Dai / Angqi Zhu / Qingjie Xiao / Wenyu Qian / Honghao Li / Li Guo / Chuangye Yan / Dong Deng / Yunzi Luo / Xiang Wang /
要旨: β-1,3 Glucan synthase (GS) is essential for fungal cell wall biosynthesis. The GS holoenzyme comprises the glycosyltransferase FKS1 and its regulatory factor Rho1, a small GTPase. However, the ...β-1,3 Glucan synthase (GS) is essential for fungal cell wall biosynthesis. The GS holoenzyme comprises the glycosyltransferase FKS1 and its regulatory factor Rho1, a small GTPase. However, the mechanism by which Rho1 activates FKS1 in a GTP-dependent manner remains unclear. Here, we present two cryo-EM structures of FKS1, apo and in complex with Rho1. FKS1 adopts a cellulose synthase-like conformation. The interaction between Rho1 and FKS1 is enhanced in the presence of GTPγS. Rho1 is positioned within a pocket between the glycosyltransferase domain of FKS1 (GT domain) and the transmembrane helix spanning TM7-15. Comparison of the two structures reveals extensive conformational changes within FKS1. These alterations suggest that Rho1's GTP/GDP cycling may act as a molecular pump, promoting a dynamic transition between the resting and active states of FKS1. Notably, Rho1 triggers FKS1 conformational changes that may push the growing glucan chain into FKS1's transmembrane channel, thereby facilitating β-1,3-glucan elongation.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,3-beta-glucan synthase component FKS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,0761
ポリマ－215,0761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 / 1 / 3-beta-D-glucan-UDP glucosyltransferase / Calcineurin dependent protein 1 / Calcofluor white ...1 / 3-beta-D-glucan-UDP glucosyltransferase / Calcineurin dependent protein 1 / Calcofluor white hypersensitivity protein 53 / Echinocandin target gene protein 1 / FK506 sensitivity protein 1 / Glucan synthase of cerevisiae protein 1 / Papulacandin B resistance protein 1


分子量: 215076.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38631, 1,3-beta-glucan synthase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 1,3-beta-glucan synthase component FKS1 in apo state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 53.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 277867 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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