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- PDB-8wl4: The structure of D-mandelate dehydrogenase with L103G and T143G m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wl4
タイトルThe structure of D-mandelate dehydrogenase with L103G and T143G mutations
要素2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / D-mandelate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Levilactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Liu, F. / Rao, Z.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171471 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of D-mandelate dehydrogenase with L103G and T143G mutations
著者: Liu, F. / Rao, Z.M.
履歴
登録2023年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydropantoate 2-reductase
B: 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5692
ポリマ-66,5692
非ポリマー00
72140
1
A: 2-dehydropantoate 2-reductase

B: 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5692
ポリマ-66,5692
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area26070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.620, 131.990, 58.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

21B-413-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-dehydropantoate 2-reductase / D-mandelate dehydrogenase / Ketopantoate reductase


分子量: 33284.559 Da / 分子数: 2 / 変異: A103G,T143G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Levilactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: CNR30_12720, UCCLB556_2064, LbMDH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Z6MKR0, 2-dehydropantoate 2-reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4 M NaCl, 0.05M Tris pH 8.5, 25% Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→44.96 Å / Num. obs: 19800 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / Num. unique obs: 19800 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→44.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 24.624 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29449 863 4.4 %RANDOM
Rwork0.24622 ---
obs0.24834 18936 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.329 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.25 Å20 Å2-1.58 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---11.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→44.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4678 0 0 40 4718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9356554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.745310464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5395630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.62226.602206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69815754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.167156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6942.4272500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6942.4272499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2843.6423126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2843.6423127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3342.4152288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3342.4152289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6993.6243425
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.76328.5915385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.75328.5835380
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 9959 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 52 -
Rwork0.308 1250 -
obs--86.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2825-2.6398-1.85524.66871.44120.8335-0.1862-0.21730.2682-0.01810.301-0.21480.06430.1167-0.11480.20890.0256-0.0870.0870.01110.201925.942529.374715.2804
20.8551-1.32470.27733.6623-0.02680.4106-0.1149-0.07760.08590.27120.0139-0.25980.03880.09330.10110.2220.0325-0.01680.13780.01730.173736.173426.404315.6871
32.91781.6674-0.70711.9727-0.11440.258-0.263-0.0635-0.19960.37090.16080.21110.2180.08840.10210.41890.13650.07860.08460.00360.263622.863115.438617.0381
41.1084-2.5271-0.25265.78080.5940.0845-0.1073-0.0609-0.00630.19430.0740.04990.0172-0.08180.03330.23740.02790.02240.3527-0.10090.153814.517816.407812.0491
51.2557-0.42121.28070.91540.34532.0869-0.1778-0.01850.0961-0.0292-0.0760.0957-0.2477-0.10270.25390.28150.0032-0.01210.01120.00120.251218.177928.33018.459
60.68320.3297-0.49770.7566-0.07370.85250.06840.01690.16570.00550.072-0.1384-0.1164-0.0398-0.14040.26260.020.02920.0945-0.00060.193921.894613.6785-10.8782
73.2679-2.3728-0.38631.80640.22760.10040.091-0.01920.2179-0.01790.0098-0.1070.0176-0.007-0.10070.25760.0109-0.0370.1455-0.00760.197718.02181.6559-5.6035
83.09981.69630.34411.21390.11140.0803-0.1202-0.0032-0.2664-0.12430.0954-0.1159-0.0275-0.00520.02480.2804-0.0673-0.00210.09670.02670.231932.2481-27.224913.7988
92.0821-1.55430.57272.89880.69960.9349-0.14590.0773-0.0084-0.18870.18050.1288-0.15550.2048-0.03460.3474-0.0794-0.11580.0732-0.05220.247722.864-15.109512.2656
101.08112.095-0.42284.677-0.52120.3133-0.08370.2341-0.0743-0.08670.0061-0.01890.0199-0.30560.07760.2729-0.0057-0.08030.3607-0.11290.140314.5142-16.106817.2873
110.68440.0211-1.21610.6902-0.04892.1721-0.23590.0778-0.15980.0627-0.09190.08780.3833-0.14390.32780.2759-0.0192-0.03030.0267-0.06390.267418.1703-28.020720.8658
120.58240.13030.58250.8283-0.20220.80880.0525-0.0041-0.1659-0.02560.059-0.14430.114-0.0629-0.11150.27320.0042-0.02560.0958-0.01110.203421.8828-13.371640.2016
133.02280.32911.23221.20950.24230.51620.12460.08160.0179-0.1466-0.1135-0.01850.02030.0091-0.01110.27550.00230.00330.16240.00680.15218.0094-1.320334.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3A62 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4A94 - 117
5X-RAY DIFFRACTION5A118 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6A179 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7A276 - 309
8X-RAY DIFFRACTION8B-2 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9B62 - 93
10X-RAY DIFFRACTION10B94 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11B118 - 178
12X-RAY DIFFRACTION12B179 - 275
13X-RAY DIFFRACTION13B276 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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