PDB-8wkr: Crystal structure of O-acetylhomoserine sulfhydrylase from Lactob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wkr

タイトル

Crystal structure of O-acetylhomoserine sulfhydrylase from Lactobacillus plantarum in the open form

要素

L-methionine gamma-lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / O-acetylhomoserine sulfhydrylase

機能・相同性

機能・相同性情報

O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase /

O-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase activity /

cystathionine gamma-synthase /

methionine gamma-lyase /

methionine gamma-lyase activity /

transsulfuration /

pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactiplantibacillus plantarum JDM1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Oda, K. / Matoba, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2024
タイトル: pH-dependent regulation of an acidophilic O -acetylhomoserine sulfhydrylase from Lactobacillus plantarum .
著者: Matoba, Y. / Oda, K. / Wataeda, M. / Kanemori, H. / Matsuo, K.

履歴

登録	2023年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年6月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wkr.cif.gz	341.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wkr.ent.gz	272.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wkr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wkoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-methionine gamma-lyase

B: L-methionine gamma-lyase

C: L-methionine gamma-lyase

D: L-methionine gamma-lyase

ヘテロ分子

194 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.281, 114.929, 98.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L-methionine gamma-lyase 分子量: 48011.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum JDM1 (バクテリア) 遺伝子: mgl / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A0G9F7S9
#2: 化合物	ChemComp-LLP / (2S)-2-amino-6-[[3-hydroxy-2-methyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]hexanoic acid / N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N⁶-[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-4-イルメチレン]リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 375.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₂N₃O₇P
#3: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1096 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, Li2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→100 Å / Num. obs: 110187 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 390903

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.12	3.6	0.412	11000	0.522	1	100
2.12-2.21	3.6	0.333	10939	0.578	1	99.9
2.21-2.31	3.6	0.273	10987	0.658	1	99.9
2.31-2.43	3.6	0.234	11008	0.723	1	100
2.43-2.58	3.6	0.193	11000	0.793	1	99.9
2.58-2.78	3.6	0.151	11028	0.957	1	99.9
2.78-3.06	3.6	0.119	10965	1.147	1	99.9
3.06-3.51	3.5	0.092	11080	1.416	1	99.9
3.51-4.42	3.5	0.068	11051	1.883	1	99.8
4.42-100	3.3	0.054	11129	1.785	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→39.53 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1956	5702	5.18 %
R_work	0.1526	-	-
obs	0.1548	110113	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12348	0	16	1096	13460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.817	17384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5	1767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2035
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.07	0.2384	173	0.1783	3113	X-RAY DIFFRACTION	90
2.07-2.1	0.2575	189	0.1846	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.12	0.2245	196	0.1847	3469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2429	201	0.1743	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.1856	161	0.1733	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.2592	167	0.1682	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.24	0.1974	206	0.1584	3481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.27	0.1924	195	0.1587	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2244	187	0.1532	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.2081	175	0.1564	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.2163	200	0.1518	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2	167	0.1527	3527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.48	0.2145	205	0.1551	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.53	0.2308	209	0.1658	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.58	0.1918	183	0.1552	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.64	0.2248	198	0.1555	3489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.1972	196	0.1576	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.78	0.2051	213	0.1578	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.86	0.2055	198	0.1567	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.96	0.2165	217	0.1544	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.06	0.2088	168	0.1547	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.18	0.1928	181	0.154	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.33	0.2026	198	0.1518	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.5	0.1865	187	0.15	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.72	0.1924	173	0.1462	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.01	0.1751	212	0.133	3500	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.41	0.1445	185	0.1262	3516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.41-5.05	0.1756	197	0.1333	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-6.36	0.1882	170	0.1667	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
6.36-39.53	0.1711	195	0.16	3523	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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