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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wkj | ||||||
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タイトル | The crystal structure of aspartate aminotransferases Lpg0070 from Legionella pneumophila | ||||||
要素 | Aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Aspartate aminotransferase / Legionella pneumophila | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Gao, Y.S. / Hua, L. / Xie, R. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of an aspartate aminotransferase Lpg0070 from Legionella pneumophila. 著者: Gao, Y. / Yang, X. / Hua, L. / Wang, M. / Ge, Q. / Wang, W. / Wang, N. / Ma, J. / Ge, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wkj.cif.gz | 105.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wkj.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/8wkj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8wouC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43822.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: C3927_15565, DIZ43_09905, ERS253283_01083, NCTC12000_00087 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A130QXX8, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Ammonium sulfate 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate 0.1 M Sodium citrate 5.5 22.5 % v/v PEG Smear Medium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 51188 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 24.1 % / Biso Wilson estimate: 23.29 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 1236043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.179 / WRfactor Rwork: 0.166 / Average fsc free: 0.9761 / Average fsc work: 0.9817 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.945 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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