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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wkh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of group 13 allergen from Blomia tropicalis | ||||||
![]() | Fatty acid-binding protein | ||||||
![]() | ALLERGEN / BETA BARREL / HELIX | ||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, K.L. / Gong, Y. / Cui, Y.B. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Immunobiological properties and structure analysis of group 13 allergen from Blomia tropicalis and its IgE-mediated cross-reactivity. 著者: Zhou, Y. / Zhu, K. / Li, Q. / Zhou, D. / Ren, Y. / Liao, Y. / Cao, P. / Gong, Y. / Cui, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14878.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In the sequence, the first residue G is a expression tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES, pH7.5 and 25% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 8802 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 34.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 35.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 420 / CC1/2: 0.838 / % possible all: 88.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.7576 Å / Origin y: 19.9387 Å / Origin z: 12.8294 Å
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