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- PDB-8wkc: Crystal structure of OgBVMO(Oceanicola granulosus) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wkc
タイトルCrystal structure of OgBVMO(Oceanicola granulosus)
要素Putative monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Baeyer-Villiger monooxygenases
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Putative monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Oceanicola granulosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Du, Y. / Wang, Y.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of OgBVMO(Oceanicola granulosus)
著者: Du, Y. / Wang, Y.H.
履歴
登録2023年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9014
ポリマ－60,2801
非ポリマー1,6213
水11,440635
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.640, 47.450, 98.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1334-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative monooxygenase


分子量: 60279.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oceanicola granulosus (strain ATCC BAA-861 / DSM 15982 / KCTC 12143 / HTCC2516) (バクテリア)
遺伝子: OG2516_16079 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2CGV0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200 mM sodium chloride,100 mM imidazole hydrochloric acid pH 8.0, and 30% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→31.16 Å / Num. obs: 92990 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 17.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.48→1.52 Å / Num. unique obs: 92990 / CC1/2: 0.575

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→31.15 Å / SU ML: 0.1463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.5332
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1867 1354 2.15 %
Rwork0.1603 61691 -
obs0.1609 63045 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4184 0 107 635 4926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97125997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.88361574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.760.19131340.16836097X-RAY DIFFRACTION98.9
1.76-1.830.20761330.16456080X-RAY DIFFRACTION99.09
1.83-1.910.19661340.1696099X-RAY DIFFRACTION99.16
1.91-2.020.24151350.16266130X-RAY DIFFRACTION99.35
2.02-2.140.16531340.166154X-RAY DIFFRACTION99.51
2.14-2.310.18631360.16356160X-RAY DIFFRACTION99.57
2.31-2.540.20961360.16836183X-RAY DIFFRACTION99.81
2.54-2.910.22111360.17046208X-RAY DIFFRACTION99.8
2.91-3.660.18411380.15686237X-RAY DIFFRACTION99.7
3.66-31.150.15141380.15016343X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.724489114180.2658147690820.2529660025340.6322566196950.1703789926170.4446255960080.01586951214650.2643316628510.158904804083-0.0925171541978-0.03463985475880.0251530334896-0.0335806780417-0.001228054235680.01507866673580.1449198986140.01645858691930.000867321827110.148823958680.02619957719650.121627436262-7.2150385149910.080669930217.1430320921
21.212222563370.3155162769390.7188777206160.1091315774630.1264893496090.502682929166-0.0181255008103-0.1889488222540.2136782314390.0397677652071-0.08726138092670.0712854369834-0.0369742457482-0.1586272541450.05934335073510.1503258754340.01003889481680.005844324378860.147384132477-0.03366895386020.151537094025-1.2494695410511.337461446536.351008446
30.759818030117-0.1183079608770.1290674030820.4832454193250.1104148363870.3895292891630.03568625802230.23858545559-0.0348287793472-0.0850796278553-0.0643192908993-0.0171589782054-0.02338770510510.04495231805310.04150767524090.1285899693840.01297188571830.0165969363980.1678252853260.004267060985940.11944735632114.8056971274-6.4647259202522.4448925715
40.8371780966250.3626737981030.186798715171.044119174750.2233184379360.404605392940.050089285152-0.146467564361-0.008589533858160.198309340567-0.0587126708823-0.06271813835040.0365734671871-0.05294271077210.01049442164430.150359447997-0.0139260218668-0.005851284924040.1274931983820.01299089263160.085212409922213.4325181619-0.24197411805642.8976862097
51.32396928494-0.523081418283-0.1948451763550.854483019432-0.01622323470320.9632153545280.03740287073930.126033236372-0.210631929523-0.0910787480944-0.02697514802580.113497397870.101049604999-0.0885275132741-0.001532153480880.13896707508-0.00325147688403-0.0117139318390.153324198522-0.03499183223720.163840030777-15.1950277392-6.3876420808221.3226758815
61.059178663430.2163015956840.2233479237640.7794432510640.07474181012930.6768734213030.04896942452260.00311574639177-0.213332845876-0.0299485921859-0.07134563547730.03232315077840.0982455319321-0.08260035697570.04323409182850.1327864962070.02357205920750.01826449126540.136897200039-0.03515250264180.169553441092-6.61452940183-11.963988297223.918169934
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 133 )7 - 1331 - 127
22chain 'A' and (resid 134 through 203 )134 - 203128 - 197
33chain 'A' and (resid 204 through 298 )204 - 298198 - 292
44chain 'A' and (resid 299 through 391 )299 - 391293 - 385
55chain 'A' and (resid 392 through 486 )392 - 486386 - 480
66chain 'A' and (resid 487 through 536 )487 - 536481 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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