PDB-8wis: Structure of hemagglutinin from Asiatic toad influenza-like virus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wis

タイトル

Structure of hemagglutinin from Asiatic toad influenza-like virus complexed with human receptor analog LSTc

要素

Hemagglutinin

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin

機能・相同性

Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / membrane / Hemagglutinin

機能・相同性情報

生物種

Wuhan asiatic toad influenza virus (インフルエンザウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Zhang, D. / Xie, Y.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of hemagglutinin from Asiatic toad influenza-like virus
著者: Zhang, D. / Xie, Y.F.

履歴

登録	2023年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月26日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月26日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月26日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年3月26日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月23日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wis.cif.gz	263.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wis.ent.gz	214.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wis_validation.pdf.gz	894.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wis_full_validation.pdf.gz	909.6 KB	表示
XML形式データ	8wis_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	8wis_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/8wis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/8wis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37567MC 37532C 8wh7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (3) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (3)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (2)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Hemagglutinin

B: Hemagglutinin

C: Hemagglutinin

ヘテロ分子

173 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

Hemagglutinin

分子量: 54951.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Wuhan asiatic toad influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A2P1GNQ1

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-2DManpb1-3DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Toad Hemagglutinin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Wuhan asiatic toad influenza virus (インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206720 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	11832
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.486	16020
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.597	1830
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.044	1911
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	2007

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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