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- PDB-8wim: Crystal structure of Jingmen tick virus RNA-dependent RNA polymer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wim
タイトルCrystal structure of Jingmen tick virus RNA-dependent RNA polymerase (D307 construct)
要素Jingmen tick virus NSP1
キーワードTRANSFERASE / RNA virus / flavi-like viruses / Jingmen tick virus / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Jingmen tick virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Wang, X. / Jing, X. / Deng, F. / Gong, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070185 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: A jingmenvirus RNA-dependent RNA polymerase structurally resembles the flavivirus counterpart but with different features at the initiation phase.
著者: Wang, X. / Jing, X. / Shi, J. / Liu, Q. / Shen, S. / Cheung, P.P. / Wu, J. / Deng, F. / Gong, P.
履歴
登録2023年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Jingmen tick virus NSP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8138
ポリマ－71,2081
非ポリマー6057
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.522, 89.251, 122.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Jingmen tick virus NSP1


分子量: 71208.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jingmen tick virus (ウイルス) / 株: YN-flaviV / 遺伝子: segment 1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: potassium sodium tartrate tetrahyrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 58904 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 395284
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.84-1.913.60.58354740.7720.9330.320.6710.96993.5
1.91-1.9850.46258440.8930.9710.2230.5161.00799.7
1.98-2.076.20.35458550.9450.9860.1520.3871.02899.8
2.07-2.187.60.27358730.9690.9920.1070.2941.04799.9
2.18-2.327.50.20358720.9810.9950.080.2181.05899.9
2.32-2.57.60.15159020.9890.9970.0590.1621.0499.9
2.5-2.757.40.10959170.9930.9980.0430.1171.057100
2.75-3.157.60.07459620.9970.9990.0290.0791.02399.9
3.15-3.967.40.04760010.99810.0180.0510.98499.8
3.96-507.10.03662040.99910.0140.0390.87898.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.12位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model determined by SAD

解像度: 1.84→37.11 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 2904 4.94 %
Rwork0.1804 --
obs0.1818 58738 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→37.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4451 0 39 419 4909
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9186333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.504665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.870.32821470.30252372X-RAY DIFFRACTION89
1.87-1.90.29561300.26762565X-RAY DIFFRACTION97
1.9-1.940.31851520.22872621X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.970.28161260.20512666X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.010.23511370.18352598X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.060.22511460.18642650X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.23661260.18982654X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.160.23131400.19582633X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.220.2071320.18112686X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.280.20781500.18122648X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.360.23021500.18142663X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.440.21421370.1842654X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.540.21211230.17772675X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.650.19221370.18672672X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.790.23721450.18582677X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.970.22941530.18752669X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.20.20221380.18212704X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.520.18981240.17992708X-RAY DIFFRACTION100
3.52-4.030.18541340.15812727X-RAY DIFFRACTION100
4.03-5.070.15271270.14782769X-RAY DIFFRACTION100
5.07-37.110.20241500.18252823X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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