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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wik | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human FSP1 | ||||||||||||
要素 | Ferroptosis suppressor protein 1 | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FSP1 / Ferroptosis (フェロトーシス) / FAD / NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / ubiquinone metabolic process / negative regulation of ferroptosis / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / vitamin K metabolic process / regulation of cellular response to oxidative stress / cellular detoxification / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release ...electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase activity / ubiquinone metabolic process / negative regulation of ferroptosis / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / vitamin K metabolic process / regulation of cellular response to oxidative stress / cellular detoxification / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / lipid droplet / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular space / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Feng, S. / Huang, X. / Tang, D. / Qi, S. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: MedComm (2020) / 年: 2024 タイトル: The crystal structure of human ferroptosis suppressive protein 1 in complex with flavin adenine dinucleotide and nicotinamide adenine nucleotide. 著者: Feng, S. / Huang, X. / Tang, D. / Liu, X. / Ouyang, L. / Yang, D. / Wang, K. / Liao, B. / Qi, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wik.cif.gz | 196.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wik.ent.gz | 129.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/8wik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/8wik | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40573.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM2, AMID, PRG3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9BRQ8, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 |
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#2: 化合物 | ChemComp-6FA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES , MgCl2, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 291 / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2023年1月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 24.58 Å2 / CC1/2: 0.969 / CC star: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 339711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.26 Å / SU ML: 0.2611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0098 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.4241703844 Å / Origin y: -9.36275331131 Å / Origin z: -18.5992812359 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 10 through 402) |