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- PDB-8whg: imine reductase mutant - M3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8whg
タイトルimine reductase mutant - M3
要素6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / imine reductase / mutant / Streptomyces viridochromogenes
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Zhu, X.X. / Chen, X.R. / Zheng, G.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A structure of imine reductase mutant at 2.7 Angstroms resolution.
著者: Zhu, X.X. / Chen, X.R. / Zheng, G.W.
履歴
登録2023年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
G: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
H: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,67210
ポリマ－248,1858
非ポリマー1,4872
水4,252236
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
C: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0462
ポリマ－62,0462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area21060 Å2
手法PISA
2
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
D: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7903
ポリマ－62,0462
非ポリマー7431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10400 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
3
E: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
F: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7903
ポリマ－62,0462
非ポリマー7431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
4
G: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein
H: 6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0462
ポリマ－62,0462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)335.102, 96.071, 103.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-406-

HOH

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要素

#1: タンパク質
6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein / Imine reductase


分子量: 31023.113 Da / 分子数: 8
変異: T40R,T73S,L97Y,A126G,I127P,D130W,I131L,A135R,V137I,M214L,V217L,Y221R
由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for strain Streptomyces viridochromogenes is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id D9X416. Author stated: Due ...詳細: Sequence reference for strain Streptomyces viridochromogenes is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id D9X416. Author stated: Due to a octemer in the crystal cell, and two dimer among them were explicitly match with electron cloud density. While these missing residues in H chain can't perfectly match with corresponding electron cloud, we decide to remove them. Because other right chains has been solved, the H chain is not focused.
由来: (組換発現) Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
遺伝子: SSQG_04344
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D9X416
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350,sodium chloride, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→102.08 Å / Num. obs: 87190 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 558118
反射 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. measured all: 32908 / Num. unique obs: 6360 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.741 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSV2023データスケーリング
XDSV2023データ削減
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.71→102.06 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 1929 2.3 %
Rwork0.2298 --
obs0.2308 83887 94.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→102.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15984 0 96 236 16316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5812352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032879
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.780.37191240.31295156X-RAY DIFFRACTION84
2.78-2.850.36761220.29675379X-RAY DIFFRACTION88
2.85-2.940.34591330.28275593X-RAY DIFFRACTION91
2.94-3.030.33751330.27065694X-RAY DIFFRACTION93
3.03-3.140.28421390.26035728X-RAY DIFFRACTION93
3.14-3.270.33881380.25665894X-RAY DIFFRACTION96
3.27-3.410.2841380.23835878X-RAY DIFFRACTION96
3.41-3.590.25841400.22025948X-RAY DIFFRACTION97
3.59-3.820.27071420.21546041X-RAY DIFFRACTION98
3.82-4.110.26451400.21486008X-RAY DIFFRACTION98
4.11-4.530.24291430.20026082X-RAY DIFFRACTION98
4.53-5.180.24561440.20326127X-RAY DIFFRACTION99
5.18-6.530.28981450.23786161X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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