PDB-8wgq: The Crystal Structure of L-asparaginase from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wgq

タイトル

The Crystal Structure of L-asparaginase from Biortus.

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya chrysanthemi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of L-asparaginase from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

履歴

登録	2023年9月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wgq.cif.gz	255.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wgq.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wgq_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wgq_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	8wgq_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	8wgq_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/8wgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/8wgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

D: L-asparaginase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.223, 133.223, 166.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 35237.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア) 遺伝子: ansB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06608
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NaAc, 0.1M Na3citrate pH5.5, 10% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18064 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18064 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→47.44 Å / Num. obs: 45056 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 4413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→47.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 10.931 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.788 / ESU R Free: 0.316 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	2241	4.979 %
R_work	0.1705	42770	-
all	0.174	-	-
obs	-	45011	99.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.138 Å²	-0.569 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.138 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→47.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9550	0	32	205	9787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	9722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.028	1.648	13169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.343	1.561	21474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.874	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.757	5	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.82	10	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.499	10	396
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	9512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.099	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.241	6.192	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.241	6.192	5035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.898	9.277	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.898	9.277	6283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.233	6.398	4687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.233	6.398	4688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.991	9.47	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.991	9.47	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.043	75.9	10623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.044	75.902	10611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.821	0.302	167	0.247	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
2.821-2.898	0.347	158	0.236	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.898-2.982	0.301	138	0.216	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.982-3.073	0.312	154	0.207	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
3.073-3.174	0.288	134	0.196	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.174-3.285	0.249	163	0.195	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.9647
3.285-3.408	0.224	124	0.187	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.546	0.272	128	0.188	2513	X-RAY DIFFRACTION	99.9622
3.546-3.703	0.289	128	0.218	2434	X-RAY DIFFRACTION	99.961
3.703-3.883	0.183	149	0.162	2266	X-RAY DIFFRACTION	99.9586
3.883-4.091	0.219	113	0.157	2192	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
4.091-4.337	0.207	96	0.143	2113	X-RAY DIFFRACTION	99.9548
4.337-4.634	0.202	92	0.137	1981	X-RAY DIFFRACTION	99.9518
4.634-5.001	0.193	80	0.13	1861	X-RAY DIFFRACTION	99.9485
5.001-5.473	0.271	88	0.149	1709	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
5.473-6.108	0.201	96	0.148	1526	X-RAY DIFFRACTION	100
6.108-7.034	0.212	93	0.146	1367	X-RAY DIFFRACTION	100
7.034-8.568	0.187	80	0.128	1159	X-RAY DIFFRACTION	99.9194
8.568-11.925	0.193	36	0.131	966	X-RAY DIFFRACTION	99.9003
11.925-47.44	0.364	24	0.312	589	X-RAY DIFFRACTION	99.8371

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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