PDB-8wgf: The Crystal Structure of JNK3 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wgf

タイトル

The Crystal Structure of JNK3 from Biortus.

要素

Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Serine/threonine-protein kinase / Biological rhythms / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of JNK3 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

履歴

登録	2023年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wgf.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wgf.ent.gz	66.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wgf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/8wgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/8wgf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.956, 71.003, 106.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 分子量: 42059.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53779
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 16% PEG MME (average Mr=550), 10% ethylene glycol, 20mM beta-mercaptoethanol, 100mM HEPES (pH7.3)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→46 Å / Num. obs: 33935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.776 / Num. unique obs: 2097

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→38.638 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.799 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	1645	4.861 %
R_work	0.2096	32198	-
all	0.212	-	-
obs	-	33843	99.847 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.522 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.454 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.068 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.638 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2802	0	32	208	3042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.649	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.581	6431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.603	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.812	22.745	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.369	15	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.415	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.123	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.023	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.734	4.362	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.735	4.359	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.396	6.515	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.395	6.518	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.264	4.737	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.264	4.737	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.168	6.949	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.167	6.948	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.064	51.476	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.076	51.254	3353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.357	115	0.349	2344	X-RAY DIFFRACTION	99.8782
1.898-1.95	0.388	124	0.383	2288	X-RAY DIFFRACTION	99.9586
1.95-2.006	0.344	126	0.302	2213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.068	0.278	98	0.264	2171	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
2.068-2.136	0.251	111	0.251	2103	X-RAY DIFFRACTION	99.9097
2.136-2.211	0.367	95	0.252	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.5299
2.211-2.294	0.327	87	0.285	1956	X-RAY DIFFRACTION	98.8389
2.294-2.388	0.377	95	0.222	1896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.494	0.294	94	0.22	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.615	0.333	83	0.218	1745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.756	0.341	88	0.228	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.756-2.923	0.297	77	0.203	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.923-3.124	0.244	83	0.203	1493	X-RAY DIFFRACTION	99.9366
3.124-3.374	0.275	68	0.216	1399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.374-3.695	0.23	68	0.195	1278	X-RAY DIFFRACTION	99.9258
3.695-4.129	0.25	64	0.177	1158	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
4.129-4.764	0.21	51	0.154	1053	X-RAY DIFFRACTION	100
4.764-5.825	0.203	56	0.161	882	X-RAY DIFFRACTION	100
5.825-8.198	0.216	38	0.194	713	X-RAY DIFFRACTION	100
8.198-38.638	0.218	24	0.168	426	X-RAY DIFFRACTION	98.4683

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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