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- PDB-8wg2: Crystal structure of GH97 glucodextranase mutant E509Q from Flavo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wg2
タイトルCrystal structure of GH97 glucodextranase mutant E509Q from Flavobacterium johnsoniae in complex with isomaltotriose
要素Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH97 / DEXTRAN / TIM-BARREL / ISOMALTOSE / NIGEROSE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl-hydrolase 97, catalytic domain / Glycosyl-hydrolase 97, C-terminal oligomerisation domain / Glycosyl-hydrolase 97, N-terminal domain / : / Glycoside hydrolase 97 / Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kurata, R. / Nakamura, S. / Miyazaki, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K05039 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K15748 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into alpha-(1→6)-linkage preference of GH97 glucodextranase from Flavobacterium johnsoniae.
著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Miyazaki, T.
履歴
登録2023年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
B: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
C: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
D: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,25712
ポリマ－311,0794
非ポリマー2,1788
水8,503472
1
A: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
B: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,6296
ポリマ－155,5402
非ポリマー1,0894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
D: Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,6296
ポリマ－155,5402
非ポリマー1,0894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)308.210, 103.620, 95.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97


分子量: 77769.805 Da / 分子数: 4 / 変異: E509Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101
遺伝子: Fjoh_4429 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI0, glucan 1,6-alpha-glucosidase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a6-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a6-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG20000, 200 mM sodium cacodylate buffer (pH 6.0), 200 mM magnesium acetate, 10 mM glucose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.16 Å / Num. obs: 113578 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 69191 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.556 / Rrim(I) all: 1.417 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 19.536 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23398 5817 5.1 %RANDOM
Rwork0.18491 ---
obs0.18743 107681 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å2-0 Å20 Å2
2--0.76 Å2-0 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21858 0 140 472 22470
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01222576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01620484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3421.81930631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7861.77147240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61152717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.585592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.779103707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.23253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0226651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3821.70810886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3821.70810886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5383.06413597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5383.06413598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1731.9211690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1731.9211691
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7253.40717035
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.77516.4324708
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.77316.4224658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 463 -
Rwork0.263 7810 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52630.4847-0.01880.79120.17350.8436-0.06560.16920.0573-0.01820.0607-0.01290.07080.04510.00490.01550.0172-0.02220.1562-0.01760.091289.08424.29327.692
21.930.2043-0.25060.4975-0.14730.96110.116-0.16750.54980.09260.00250.17950.0305-0.0606-0.11850.0294-0.03470.06830.1484-0.10910.385143.5929.04250.154
31.21060.2179-0.01650.8277-0.24760.9644-0.08190.12460.2475-0.25750.11370.2135-0.0188-0.1044-0.03170.1122-0.028-0.11090.13570.03350.1784-8.133-26.315-1.178
41.09850.06580.26270.63550.051.0315-0.0609-0.01520.15130.0217-0.074-0.0698-0.09850.17820.13490.0472-0.0536-0.03330.18560.01560.112937.546-20.53120.544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 700
3X-RAY DIFFRACTION3C20 - 703
4X-RAY DIFFRACTION4D20 - 700
5X-RAY DIFFRACTION1A800
6X-RAY DIFFRACTION2B800
7X-RAY DIFFRACTION3C800
8X-RAY DIFFRACTION4D800
9X-RAY DIFFRACTION1E1 - 3
10X-RAY DIFFRACTION2F1 - 3
11X-RAY DIFFRACTION3G1 - 3
12X-RAY DIFFRACTION4H1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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