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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wg1 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of GH97 glucodextranase mutant E509Q from Flavobacterium johnsoniae in complex with panose | |||||||||
要素 | Candidate alpha-glucosidase Glycoside hydrolase family 97 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH97 / DEXTRAN / TIM-BARREL / ISOMALTOSE / NIGEROSE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Kurata, R. / Nakamura, S. / Miyazaki, T. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Structural insights into alpha-(1→6)-linkage preference of GH97 glucodextranase from Flavobacterium johnsoniae. 著者: Nakamura, S. / Kurata, R. / Miyazaki, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wg1.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wg1.ent.gz | 891.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wg1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wg1_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wg1_validation.xml.gz | 94.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wg1_validation.cif.gz | 132.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/8wg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/8wg1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wg0C 8wg2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 77769.805 Da / 分子数: 4 / 変異: E509Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101) (バクテリア) 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101 遺伝子: Fjoh_4429 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI0, glucan 1,6-alpha-glucosidase #2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
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-非ポリマー , 4種, 445分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 12% PEG20000, 200 mM sodium cacodylate buffer (pH 6.0), 200 mM magnesium acetate, 10 mM glucose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→49.23 Å / Num. obs: 132638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 89573 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.542 / Rrim(I) all: 1.453 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.34→49.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 18.067 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.213 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.34→49.23 Å
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拘束条件 |
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