PDB-8wfr: The Crystal Structure of PCSK9 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wfr

タイトル

The Crystal Structure of PCSK9 from Biortus.

要素

(Proprotein convertase subtilisin/kexin type ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / Serine protease / Apoptosis / Cholesterol metabolism / Lipid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding ...negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / PCSK9-LDLR complex / very-low-density lipoprotein particle binding / negative regulation of receptor recycling / PCSK9-AnxA2 complex / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / signaling receptor inhibitor activity / LDL clearance / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / lipoprotein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of receptor internalization / endolysosome membrane / regulation of signaling receptor activity / sodium channel inhibitor activity / lysosomal transport / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / positive regulation of receptor internalization / apolipoprotein binding / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / phospholipid metabolic process / regulation of neuron apoptotic process / VLDLR internalisation and degradation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / neurogenesis / liver development / kidney development / cholesterol homeostasis / Post-translational protein phosphorylation / neuron differentiation / cellular response to insulin stimulus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / early endosome / lysosome / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Lu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of PCSK9 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Lu, Y.

履歴

登録	2023年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wfr.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wfr.ent.gz	101 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (5) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9

B: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9

ヘテロ分子

71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.081, 70.813, 149.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Proprotein convertase subtilisin/kexin type ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 分子量: 13905.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NBP7
#2: タンパク質	Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 分子量: 57357.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NBP7

-
非ポリマー , 4種, 414分子

#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 20% PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.26 Å / Num. obs: 49827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 3453 / CC_1/2: 0.707

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→48.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.465 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	2469	4.962 %
R_work	0.1688	47289	-
all	0.171	-	-
obs	-	49758	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.932 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.708 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4293	0	35	409	4737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.017	1.65	6024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.349	1.562	9429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.662	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.917	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.315	10	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.913	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	849
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.957	2.341	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.957	2.341	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.492	3.479	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.492	3.481	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.163	2.973	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.162	2.974	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.481	4.222	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.48	4.223	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.771	38.693	4766
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.691	35.261	4637

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.301	178	0.264	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.055	0.264	163	0.237	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.115	0.225	170	0.218	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.18	0.23	157	0.198	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.251	0.232	188	0.185	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.9692
2.251-2.33	0.23	148	0.176	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.418	0.197	165	0.163	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.516	0.217	133	0.163	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.516-2.628	0.208	158	0.163	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.755	0.188	126	0.157	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.755-2.904	0.185	110	0.15	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.904-3.079	0.17	131	0.14	2328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.079-3.291	0.192	124	0.154	2161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.291-3.553	0.175	112	0.156	2028	X-RAY DIFFRACTION	99.8134
3.553-3.891	0.174	92	0.151	1886	X-RAY DIFFRACTION	99.9495
3.891-4.346	0.209	90	0.141	1712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.346-5.012	0.14	78	0.132	1543	X-RAY DIFFRACTION	100
5.012-6.122	0.244	72	0.178	1301	X-RAY DIFFRACTION	99.9272
6.122-8.589	0.187	45	0.185	1058	X-RAY DIFFRACTION	100
8.589-48.26	0.258	29	0.214	641	X-RAY DIFFRACTION	99.851

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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